單細胞測序技術是一種在單細胞水平上對基因組、轉錄組、表觀組等進行高通量測序分析的技術。單細胞測序技術能夠在組學水平揭示細胞間的異質性。單細胞水平細胞譜系追蹤技術位居2018年Science 雜志評選的十大科學突破之首。常規單細胞轉錄組測序技術丟失了細胞在原組織中至關重要的空間位置信息,而單細胞空間轉錄組技術在進行單細胞轉錄組測序的同時保留并記錄了細胞的空間位置信息。空間轉錄組技術能夠揭示細胞間的相互作用以及細胞所處的微環境,將成為發育生物學、神經生物學、免疫生物學、腫瘤微環境等領域的研究利器。
11月12日,《核酸研究》(Nucleic Acids Research)在線發表了中國科學院生物物理研究所高通量測序中心題目為SpatialDB: a database for spatially resolved transcriptomes 的論文,發布第一個單細胞空間轉錄組數據庫及數據在線可視化平臺。SpatialDB系統收錄了來自5個物種由8種空間轉錄組技術產生的數據,建立了空間轉錄組數據分析處理流程,實現了空間轉錄組數據的在線可視化,同時提供了空間差異表達基因及其功能富集分析的注釋。
中科院院士、生物物理所研究員陳潤生以及高級工程師陳小偉為論文共同通訊作者。生物物理所高通量測序中心高級工程師范珍為論文第一作者。該研究獲得中科院關鍵技術人才項目、國家自然科學基金和國家重點研發項目的資助。
生物物理所開發單細胞空間轉錄組數據分析可視化平臺
6月4日,《國家科學評論》(NationalScienceReview)在線發表了題為《基于單神經元全腦投射譜解析內源性阿片鎮痛的神經環路機制》的研究論文。該成果由中國科學院腦科學與智能技術卓越創新中......
破譯自閉癥等神經發育疾病和雙相情感障礙等常見精神疾病的遺傳原因,一直是重大挑戰,這是因為人腦太過復雜。在《科學》《科學轉化醫學》和《科學進展》雜志上,來自PsychENCODE聯盟的科學家們發表了十幾......
單細胞測序數據集和考古發掘現場之間存在一種有趣的對偶:從某種意義上來說,它們都是關于歷史的壓縮快照。化石只有在與相關地層相關聯時才具有完全意義,考古發現只有在精確定年后才能解釋歷史。而現在,研究人員發......
冠狀動脈旁路移植術(CABG)又被稱為冠狀動脈搭橋術,是改善心臟自身血供的手術,可以有效治療冠心病導致的心肌缺血。該手術從患者身上取下一段健康的血管供體,一端與升主動脈相連,另一端與冠狀動脈堵塞部位的......
圖SEVtras高效識別單細胞轉錄組數據中的胞外小囊泡在國家自然科學基金項目(批準號:32025009、32130020等)資助下,中國科學院北京生命科學研究院趙方慶團隊在單細胞數據挖掘算法方面取得新......
中山大學中山醫學院教授張宏波團隊與英國Sanger研究所教授SarahTeichmann團隊合作,研究建立了首個人類肢體發育的單細胞時空圖譜并解析關鍵調控機制。12月6日,相關成果在線發表于Natur......
微生物是地球上豐富且分布廣泛的生命形式,在生態系統中對有機物的生物地球化學循環發揮著關鍵作用。微生物降解是有機污染物分解過程中的重要環節。其中,降解功能微生物可將污染物轉化為無毒化合物,是有機污染物降......
美國麻省理工學院和布羅德研究所的科研人員繪制出小鼠全腦高分辨率單細胞空間轉錄組圖譜,為深入理解大腦結構與功能提供了重要基礎。該團隊基于109萬個高質量空間分辨單細胞基因表達定義出小鼠大腦更精細的組織區......
最近在高分辨率生物制造(如單細胞水平)方面的進展極大地提高了生物制造的能力,為組織工程開辟了新的途徑。然而,目前還缺乏一篇全面的綜述,概述了各種生物制造技術(超越生物打印),這些技術可以實現單細胞分辨......
Bio-Techne旗下子品牌Namocell的單細胞分離儀(NamocellSingleCellDispensers)采用先進的微流體技術以及靈敏的光學檢測系統,在精確鑒別細胞的同時又能對目的細胞進......