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單細胞測序技術是一種在單細胞水平上對基因組、轉錄組、表觀組等進行高通量測序分析的技術。單細胞測序技術能夠在組學水平揭示細胞間的異質性。單細胞水平細胞譜系追蹤技術位居2018年Science 雜志評選的十大科學突破之首。常規單細胞轉錄組測序技術丟失了細胞在原組織中至關重要的空間位置信息，而單細胞空間轉錄組技術在進行單細胞轉錄組測序的同時保留并記錄了細胞的空間位置信息。空間轉錄組技術能夠揭示細胞間的相互作用以及細胞所處的微環境，將成為發育生物學、神經生物學、免疫生物學、腫瘤微環境等領域的研究利器。 11月12日，《核酸研究》（Nucleic Acids Research）在線發表了中國科學院生物物理研究所高通量測序中心題目為SpatialDB: a database for spatially resolved transcriptomes 的論文，發布第一個單細胞空間轉錄組數據庫及數據在線可視化平臺。SpatialDB系統收......閱讀全文
空間轉錄組測序技術是一種基于組織空間結構進行高通量轉錄組測序的技術。通過該技術，可以得到組織空間位置的基因表達圖譜。因此，空間轉錄組技術是現階段可實現空間二維基因表達檢測的高通量技術。該技術為基于空間的發育研究和疾病異質性問題提供了一個解決方案。 空間轉錄組測序運用方向（Trends Bi
單細胞測序技術是一種在單細胞水平上對基因組、轉錄組、表觀組等進行高通量測序分析的技術。單細胞測序技術能夠在組學水平揭示細胞間的異質性。單細胞水平細胞譜系追蹤技術位居2018年Science 雜志評選的十大科學突破之首。常規單細胞轉錄組測序技術丟失了細胞在原組織中至關重要的空間位置信息，而單細胞空
2019年即將結束，在這一年中，單細胞測序的火熱充分展示了該技術在科學研究領域的重要。發育生物學作為生命基本過程研究的基礎學科，單細胞測序技術是該領域研究突飛猛進的助推器。在這300多個日夜里，科學研究成果殿堂《Cell》、《Nature》、《Science》上有哪些發育生物學的成果跟單細胞技術
2019年即將結束，在這一年中，單細胞測序的火熱充分展示了該技術在科學研究領域的重要。發育生物學作為生命基本過程研究的基礎學科，單細胞測序技術是該領域研究突飛猛進的助推器。在這300多個日夜里，科學研究成果殿堂《Cell》、《Nature》、《Science》上有哪些發育生物學的成果跟單細胞技術
血液系統中貯藏著一種具有自我更新、分化成各種血細胞潛能的成體干細胞，稱為造血干細胞，它能夠維持機體長久造血和組織穩態1。造血干細胞移植是惡性血癌的有效治療手段，但干細胞來源不足成為限制該治療廣泛應用的瓶頸。因此，造血干細胞的發育，尤其是造血干細胞擴增的研究備受關注。然而，現在的研究主要集中在特定
腫瘤組織中免疫細胞的組成在免疫治療中起關鍵作用，然而人類腫瘤組織中免疫細胞的異質性和分化途徑還有待研究。李漢杰博士等通過對25名黑色素瘤患者腫瘤中免疫細胞的單細胞轉錄組測序和單細胞TCR測序分析，發現大量的CD8 T細胞的轉錄組呈連續性梯度分布，跨越了從“過渡態”到“功能失調狀態”的分化途徑。相
編者按：空間轉錄組學技術是轉錄組學研究領域的新方向，也是研究細胞異質性方面的新方法。該技術通過整合與優化單細胞測序和激光顯微切割技術， 獲得少量細胞轉錄組信息的同時可以保留細胞原有位置信息。為此， 生物谷專訪了該技術的主要開發者－中國科學院上海生化細胞所彭廣敦副研究員 生物谷：彭教授您好，非常
《Nature Methods》是專門用來對生命科學研究領域具有顯著性意義的新方法和研究技術改進的經典雜志。單細胞轉錄組測序是2019年不折不扣的熱點領域，截至2019年9月，Nature Methods總共發表了10篇關于單細胞轉錄組測序相關的研究報道。本期，小編和大家一起分享這些重要的研究成
細胞是構成生命體的結構和功能的基本單位，不同類型的細胞形態迥異，功能也各不相同。即使是同類細胞間看似相同，相互間也存在著廣泛的細胞異質性。傳統的群體細胞分析檢測能更快速方便的獲得大量數據并利于進行有效的統計學分析，但是隨著研究的深入，這種基于群體細胞分析所獲得的平均性數據，往往忽略了細胞個體間的
《Nature Methods》是專門用來對生命科學研究領域具有顯著性意義的新方法和研究技術改進的經典雜志。單細胞轉錄組測序是2019年不折不扣的熱點領域，截至2019年9月，Nature Methods總共發表了10篇關于單細胞轉錄組測序相關的研究報道。本期，小編和大家一起分享這些重要的研究成
來自蘇黎世大學的生物學家們開發出了一種可在單細胞中顯像基因活性的新方法。這種方法如此的高效，從而使得研究人員第一次在1萬個人類單細胞中平行研究了 1000種基因，揭示出基因的活性和生成的轉錄分子的空間結構在單細胞之間存在顯著差異。這一新方法可廣泛應用于基礎研究和醫學診斷等領域。 當細胞
近年來，依靠表觀遺傳組學、轉錄組學、細胞譜系示蹤和高通量mRNA分子原位分析等技術在單細胞分辨率上的突破，研究人員對脊椎動物器官發育與維持過程中細胞與分子機制的解析取得了一系列重大進展【1-3】。目前，運用各種先進的單細胞分析技術，研究人員可以從細胞圖譜繪制(cell atlas profili
單細胞RNA測序技術隨著近幾年的迅速發展，已在多個領域，從早期胚胎發育到組織和器官發育、以及免疫學和腫瘤學開花結果。 2018年，這一領域國內外成果不斷，比如北京大學的湯富酬課題組就接連發表了11篇文章，獲得了單細胞測序領域的接連重要成果。 3月，這一研究組與中國科學院生物物理研究所王曉群課
空間轉錄組學研究是很多老師非常感興趣的一種最新組學研究技術。做完空間轉錄組測序后，能拿到哪些結果，是不是存在買家秀和賣家秀的差距？本期，生物芯片生物信息團隊利用已發表數據的實操分析，為大家展示空間轉錄組測序數據結果。 我們分析了來自10x Genomics 的Visium技術生成的某腫瘤生
對生命過程的理解不光限于對組成個體的單個細胞的研究，更需要對細胞和細胞之間怎么樣的互作協調來完成一個整體的生物學功能的研究。空間組學技術的興起，使得在保留樣本空間位置信息的同時，檢測細胞中的基因表達等分子信息來勾勒出空間中的細胞表達特征。在2019年《Nature Reviews G
近來單細胞組學研究的發展使生命科學研究步入更加微觀的層面。對單個細胞基因功能的了解不僅刷新了我們對組成組織的細胞類型的發現，也讓我們對組織中的細胞功能和互作機制有了全新認識。但是，需要將新鮮組織進行單細胞解離，需要足夠活性的細胞進行實驗，這些要求使得很多研究在一開始就被拒之門外。另外，雖然通過數
近來單細胞組學研究的發展使生命科學研究步入更加微觀的層面。對單個細胞基因功能的了解不僅刷新了我們對組成組織的細胞類型的發現，也讓我們對組織中的細胞功能和互作機制有了全新認識。但是，需要將新鮮組織進行單細胞解離，需要足夠活性的細胞進行實驗，這些要求使得很多研究在一開始就被拒之門外。另外，雖然通過數
在真核細胞中，轉錄組的空間組織已經成為調節RNA轉錄后命運的一種有力手段，但是一般研究采用的是原位雜交或者原位的熒光染色，這項技術操作困難且通量低。近期來自中科院生物化學與細胞生物學研究所細胞生物學國家重點實驗室等處的研究人員作建立了一種可以獲得具有空間位置信息的少量細胞轉錄組圖譜的技術方法：G
空間轉錄組學研究是很多老師非常感興趣的一種最新組學研究技術。做完空間轉錄組測序后，能拿到哪些結果，是不是存在買家秀和賣家秀的差距？本期，生物芯片生物信息團隊利用已發表數據的實操分析，為大家展示空間轉錄組測序數據結果。 我們分析了來自10x Genomics 的Visium技術生成的某腫瘤生
在小鼠胚胎的植入后發育期間，早期外胚層中的內細胞團的后代從幼稚狀態轉變為多能狀態。同時，形成胚層并指定細胞譜系，從而建立胚胎發生的藍圖。命運映射和譜系分析研究表明，胚胎層不同區域的細胞在原腸胚形成期間獲得位置特異性細胞命運。在基本身體計劃形成之前，細胞命運的區域化-其機制有助于理解胚胎編程和基于
對生命過程的理解不光限于對組成個體的單個細胞的研究，更需要對細胞和細胞之間怎么樣的互作協調來完成一個整體的生物學功能的研究。空間組學技術的興起，使得在保留樣本空間位置信息的同時，檢測細胞中的基因表達等分子信息來勾勒出空間中的細胞表達特征。在2019年《Nature Reviews Genetic
近來單細胞組學研究的發展使生命科學研究步入更加微觀的層面。對單個細胞基因功能的了解不僅刷新了我們對組成組織的細胞類型的發現，也讓我們對組織中的細胞功能和互作機制有了全新認識。但是，需要將新鮮組織進行單細胞解離，需要足夠活性的細胞進行實驗，這些要求使得很多研究在一開始就被拒之門外。另外，雖然通過數據還
人類胚胎發育是一個極其復雜的過程，從一個單細胞的受精卵開始，首先經過著床前胚胎發育產生胚內和胚外組織，再到著床后原腸胚階段三個胚層的特化，進而到器官發生、分化、成熟，及至新生命的誕生。整個兩百八十天的胚胎發育過程從一個單細胞受精卵增殖發育形成含有上萬億個細胞的嬰兒，期間基因表達受到嚴密、精準的調
——也許不久的將來，定位組織中的基因表達就會成為一種常規技術了。 對于基因表達研究來說，空間一直都是具有挑戰性的前沿研究領域。但是隨著越來越多的研究人員獲得了技術進展，這已經不再是令人望而生畏的領域了。這些方法的多樣性和創造性使其成為一個值得關注的技術方向。 空間基因表達對于理解組織中細胞的
多細胞測序和單細胞測序，你pick誰？如今，大多數研究人員也許會選擇后者，因為不一樣的角度，會帶來不一樣的見解。 多細胞測序和單細胞測序，你pick誰？如今，大多數研究人員也許會選擇后者，因為不一樣的角度，會帶來不一樣的見解。單細胞測序的最初動力來自癌癥研究，可幫助人們了解腫瘤異質性和腫瘤微環
單細胞轉錄組研究是近期生命科學領域運用最火的組學檢測技術之一，來自麻省總醫院和哈佛醫學院的研究人員在《Molecular Cell》(Suva and Tirosh 2019)上討論了單細胞轉錄組測序技術在腫瘤研究中的經驗與未來挑戰。在此，我們對該review中的部分內容進行解讀和分享。
單細胞轉錄組研究是近期生命科學領域運用最火的組學檢測技術之一，來自麻省總醫院和哈佛醫學院的研究人員在《Molecular Cell》(Suva and Tirosh 2019)上討論了單細胞轉錄組測序技術在腫瘤研究中的經驗與未來挑戰。在此，我們對該review中的部分內容進行解讀和分享。
3月22日，國際學術期刊《細胞》子刊《發育細胞》在線發表了中國科學院上海生命科學研究院生物化學與細胞生物學研究所景乃禾研究組與中國科學院-馬普學會計算生物學伙伴研究所韓敬東研究組合作的最新研究成果“Spatial Transcriptome for the Molecular Annotatio
德克薩斯大學醫學院安德森癌癥中心的研究人員研發了一種新技術，并由此構建了新型遺傳模型，解釋了一種常見的早期乳腺癌（乳腺導管內原位癌（ductal carcinoma in situ，DCIS））是如何發展為更具侵襲性的癌癥形式。 這一研究成果公布在1月4日的Cell雜志上。 這項研究為了解D
單細胞轉錄組研究是近期生命科學領域運用最火的組學檢測技術之一，來自麻省總醫院和哈佛醫學院的研究人員在《Molecular Cell》(Suva and Tirosh 2019)上討論了單細胞轉錄組測序技術在腫瘤研究中的經驗與未來挑戰。在此，我們對該review中的部分內容進行解讀和分享。作者