單細胞核RNA測序技術建立了種子早期胚乳發育的轉錄圖譜
種子是裸子植物和被子植物特有的繁殖體，是胚珠經過受精以后形成的結構，在植物生命周期中處于關鍵位置。種子主要由種皮、胚和胚乳組成。其中胚乳是大多數開花植物雙受精后產生的組織，一般為三倍體（每個細胞核有三套染色體），胚乳中含有豐富的營養物質，是人類消耗熱量的主要來源。 基因組印跡是一種表觀遺傳基因調控過程，可以導致父系和母系遺傳等位基因的表達差異，胚乳是基因印跡的發生的主要部位。雖然胚乳在植物整個生育期中只是短暫的存在形式，但其經歷了一個獨特的發育過程，主要包括三個形態和空間上差異的結構域：珠孔結構域圍繞著胚；接合點結構域位于遠離胚的另一端；外周結構域位于中間。前期的研究已對三個胚乳區域的基因表達模式進行了分析，然而尚不清楚區域內是否存在細胞類型的異質性。此外，目前我們對胚乳生物學的了解也相對較少。 5月31日，來自美國的研究團隊在Nature Plants發表了題為Transcriptional and imprintin......閱讀全文
－長讀取測序揭秘轉錄本結構
短讀取的 RNA-seq 雖然可以精確計數已表達的轉錄本，但無法提供這些轉錄本的結構信息。 現在，斯坦福大學研究人員在《自然-生物技術》(Nature Biotechnology)雜志上報告稱，他們開發出了一種能保留轉錄本結構信息的新方法，他們通過環狀 cDNA 模板和長讀取測序，
空間轉錄組測序樣本準備指南
一、外泌體研究熱度持續攀升 外泌體（exosome）是活細胞分泌的30-200nm的囊泡，在電鏡下具有非常明顯單層膜結構，通常為茶托型或一側凹陷的半球形。其主要來源于細胞內溶酶體微粒內陷形成的多囊泡體，經多囊泡體外膜與細胞膜融合后釋放到胞外基質中。多種細胞在正常及病理狀態下均可分泌外泌體，
轉錄組測序流程步驟是哪些
轉錄組測序的研究對象為特定細胞在某一功能狀態下所能轉錄出來的所有RNA的總和，主要包括mRNA和非編碼RNA。轉錄組研究是基因功能及結構研究的基礎和出發點，通過新一代高通量測序，能夠全面快速地獲得某一物種特定組織或器官在某一狀態下的幾乎所有轉錄本序列信息，已廣泛應用于基礎研究、臨床診斷和藥物研發等領
人轉錄組測序內參標準物質
通過轉錄組測序獲得人的基因表達譜數據，能進一步挖掘疾病相關的生物標志物，為臨床診斷提供依據。目前，由于轉錄組測序無法溯源，導致不同實驗室及測序平臺產出的數據可比性和測序結果的準確性面臨挑戰。 中國計量科學研究院推出的人轉錄組測序內參標準物質，包含了51個內參基因組成的兩套基于比值的RNA內參混
空間轉錄組測序樣本準備指南
現有空間轉錄組研究平臺是基于冰凍樣本進行研究，所以在樣本凍存前至少10分鐘，將異戊烷和液氮浴準備好（之所以用異戊烷而不直接用液氮進行速凍，是因為液氮沸點比較低，直接液氮處理可能在沸騰過程中使組織周圍形成空穴，導致不同區域降溫不同步而改變內部形態，甚至組織碎裂）。然后用鑷子或者刮刀將新鮮組織轉移到異戊
空間轉錄組測序樣本準備指南
現有空間轉錄組研究平臺是基于冰凍樣本進行研究，所以在樣本凍存前至少10分鐘，將異戊烷和液氮浴準備好（之所以用異戊烷而不直接用液氮進行速凍，是因為液氮沸點比較低，直接液氮處理可能在沸騰過程中使組織周圍形成空穴，導致不同區域降溫不同步而改變內部形態，甚至組織碎裂）。然后用鑷子或者刮刀將新鮮組織轉移到
胚乳的分類
根據種子里面有無胚乳的情況。分為有胚乳種子及無胚乳種子兩類。在無胚乳的種子中，在種子形成的早期，胚乳中的營養物質被胚吸收轉移到子葉里貯藏起來，因此種子成熟后胚乳消失，子葉特別肥厚，如玉豆種子，由于胚在發育過程中，將種子的胚乳吸盡，所以種子內不存在胚乳(由子葉起著胚乳的作用)．如果種子萌發時，將兩片肥
科學家開發單細胞全轉錄組測序新技術
北京大學生物動態光學成像中心黃巖誼、湯富酬課題組在《美國科學院院刊》（PNAS）上發表題為“Microfluidic single-cell whole-transcriptome sequencing”的論文。該研究利用微流控芯片技術實現了高質量單細胞的全轉錄組測序樣品準備，全面提高了單細胞全
Cell》重磅！全轉錄組測序技術揭示circRNA新的調控機制！
2月7日，加拿大多倫多大學的Paul C. Boutros教授和Housheng Hansen He教授團隊對144例前列腺癌樣本進行全轉錄組測序，結合后續的功能機制研究，揭示了前列腺癌circRNA新的調控機制！該研究成果以題為“Widespread and Functional RNA Ci
《Cell》重磅！全轉錄組測序技術揭示circRNA新的調控機制
2月7日，加拿大多倫多大學的Paul C. Boutros教授和Housheng Hansen He教授團隊對144例前列腺癌樣本進行全轉錄組測序，結合后續的功能機制研究，揭示了前列腺癌circRNA新的調控機制！該研究成果以題為“Widespread and Functional RNA Ci
捕獲早期RNA轉錄動力學的關鍵
生命的活動是通過蛋白質的制造而發生的，蛋白質賦予我們的細胞結構和功能。細胞蛋白質從DNA編碼的基因指令中獲得行進順序，他們的序列首先被復制并在一個叫做轉錄的多步驟過程中被制造成RNA。 科羅拉多州立大學的一個研究合作項目專門研究高分辨率熒光顯微鏡和計算模型，以實時、精細地可視化和描述這類生命過
水稻OsCTPS1在早期胚乳發育過程中發揮的重要作用
2021年5月31日，Plant Biotechnology Journal在線發表了韓國慶熙大學Gynheung An（安鎮興）教授所帶領團隊完成的題為“CTP synthase is essential for early endosperm development by regulatin
RNA測序解析白血病轉錄組
巴塞羅那基因組調控中心Dr. Roderic Guigó領導研究團隊，對慢性淋巴細胞白血病進行了轉錄組分析，獲得了CLL相關基因和突變的功能圖譜。這項工作發表在Genome Research雜志上。 這一項目是西班牙慢性淋巴細胞白血病基因組聯盟的最新成果，該聯盟曾鑒定了涉及CLL發展的
“泛轉錄組”首次用于RNA測序分析
近日發表在《自然·方法》雜志上的一篇新論文中，美國加利福尼亞大學圣克魯斯分校（UCSC）的研究人員介紹了有史以來第一種使用“泛轉錄組”分析全基因組RNA測序數據的方法。 分析一個人的基因表達需要將他的RNA圖譜映射到一個標準參照物，以深入了解基因在多大程度上“開啟”并在體內發揮功能。但當參照物
“泛轉錄組”首次用于RNA測序分析
近日發表在《自然·方法》雜志上的一篇新論文中，美國加利福尼亞大學圣克魯斯分校（UCSC）的研究人員介紹了有史以來第一種使用“泛轉錄組”分析全基因組RNA測序數據的方法。 分析一個人的基因表達需要將他的RNA圖譜映射到一個標準參照物，以深入了解基因在多大程度上“開啟”并在體內發揮功能。但當參照物不
轉錄組測序揭示乳腺癌重排
即將在本周《美國科學院院刊》（PNAS）的網絡版上發表的一篇論文中，一個國際研究小組介紹了一項利用高通量的轉錄組測序來發現乳腺癌細胞系中的基因組重排的原理論證研究。美國克萊格凡特研究院（J.Craig Venter Institute）、Lugwig癌癥研究所的三個分所、以及紐約斯隆-凱特琳癌癥
胚乳的培養過程
從1933年L·蘭普和C·O·米爾利用植物組織培養方法，培養玉米幼嫩胚乳起，到1979年才有胚乳植株產生，到20世紀80年代只有少數胚乳植株培養成功，例如水稻、蘋果、柚、檀香、大麥、馬鈴薯和獼猴桃等。胚乳植株不一定是三倍體植株，而往往是混倍體。由于染色體數目和形態發生變異，胚乳的試管培養可望得到新類
胚乳的主要類型
多數被子植物胚乳，開始時是三倍體細胞。但由于胚囊發育類型不同，胚囊中極核的數目也不同，所以初生胚乳核的倍性也不相同；月見草型為二倍體；椒草型為九倍體；蓼、蔥、五福花以及德魯撒型為三倍體；皮耐亞和白花丹型為五倍體；貝母型和小白花丹型也是五倍體。即使一般為三倍體的胚乳組織，在發育過程中，也能發生倍性的改
轉錄宿主反應特征揭秘，有助于早期治療
研究人員已經生成了一個基因特征，可以檢測宿主對 COVID-19 的反應，他們說這可以改進診斷工具并用于早期治療。 在近日表在《細胞系統》雜志上的兩篇論文中，來自耶魯大學和西奈山伊坎醫學院的研究人員開發了一個框架，用于生成轉錄宿主反應特征，可以可靠地檢測病原體，同時減輕與其他非 -目標感染。
空間轉錄組和單細胞轉錄組測序聯合應用的典型案例
單細胞轉錄組測序技術的如火如荼，伴隨著空間轉錄組測序技術的蓬勃發展，可以看到，在現有的高通量檢測技術領域，這兩種技術已為科學研究的發展提供了前所未有的技術支撐。從2019年單細胞多組學被評為《Nature Methods》年度技術進展，到2020年空間轉錄組技術也被評為年度技術進展，相信在接
單細胞測序新技術：同時分析轉錄組和甲基化組
單細胞轉錄組和甲基化組分析已經成為了單細胞研究的強大工具。然而，在單細胞中揭示DNA甲基化與基因表達的直接關聯還比較困難。這是因為細胞之間存在較大的差異，又不能同時檢測一個細胞的轉錄組和甲基化組。加州大學范國平教授和同濟大學薛志剛教授領導團隊解決了這個問題。他們在Genome Biology雜志上發
單細胞測序新技術：同時分析單個細胞的轉錄組和甲基...
單細胞測序新技術：同時分析單個細胞的轉錄組和甲基化組 單細胞轉錄組和甲基化組分析已經成為了單細胞研究的強大工具。然而，由于細胞之間存在較大的差異，又不能同時檢測一個細胞的轉錄組和甲基化組，在單細胞中揭示DNA甲基化與基因表達的直接關聯還比較困難。 近日，加州大學范國平教授和同濟大學薛志剛教授
DNA測序的測序技術
高通量測序技術（High-throughput sequencing）又稱“下一代”測序技術（Next-generation sequencing technology），以能一次并行對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定和一般讀長較短等為標志。根據發展歷史、影響力、測序原理和技術不同等，主要有以
翟繼先團隊開發植物單細胞核全長RNA檢測技術－?
近年來，高通量單細胞轉錄組測序已廣泛應用于動物細胞研究，但只在少數植物物種和組織的研究中存在報道。其主要原因是因為植物細胞比動物多了一層細胞壁，使得植物單細胞RNA-seq必須先消化細胞壁并制備原生質體。而原生質體的制備對于許多組織都非常困難，且制備過程會影響細胞的轉錄狀態而引入不必要的干擾。因
翟繼先團隊開發植物單細胞核全長RNA檢測技術－?
近年來，高通量單細胞轉錄組測序已廣泛應用于動物細胞研究，但只在少數植物物種和組織的研究中存在報道。其主要原因是因為植物細胞比動物多了一層細胞壁，使得植物單細胞RNA-seq必須先消化細胞壁并制備原生質體。而原生質體的制備對于許多組織都非常困難，且制備過程會影響細胞的轉錄狀態而引入不必要的干擾。因
研究團隊發現玉米籽粒發育與灌漿協同調控中心因子
近期，中國科學院分子植物科學卓越創新中心研究員巫永睿課題組在Plant Cell上，在線發表了題為The B3 Domain-Containing Transcription Factor ZmABI19 Coordinates Expression of Key Factors Require
PNAS突破：單個細胞核轉錄組測序
研究人員成功地從單個腦細胞細胞核中分離出全部的信使RNA并對其進行了測序。這項發表在《美國科學院院刊》(PNAS)上的新研究，將幫助研究人員更好地了解一些器官在健康和疾病狀態下的功能機制，為開發出個體化治療提供了又一塊跳板。 動物和植物中的大多數細胞都包含有一個細胞核，里面儲存著細胞的DN
如何讀懂空間轉錄組測序數據結果
空間轉錄組學研究是很多老師非常感興趣的一種最新組學研究技術。做完空間轉錄組測序后，能拿到哪些結果，是不是存在買家秀和賣家秀的差距？本期，生物芯片生物信息團隊利用已發表數據的實操分析，為大家展示空間轉錄組測序數據結果。 我們分析了來自10x Genomics 的Visium技術生成的某腫瘤生
如何讀懂空間轉錄組測序數據結果
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