趙方慶團隊開發環形RNA定量和差異表達分析新方法
2020年1月3日，中國科學院北京生命科學研究院趙方慶團隊在《自然-通訊》（Nature Communications）雜志上發表題為Accurate quantification of circular RNAs identifies extensive circular isoform switching events 的文章。該研究開發了環形RNA定量和差異表達分析的新方法——CIRIquant。與常用的環形RNA分析軟件相比，CIRIquant可以更準確對環形RNA轉錄本進行識別和定量，并為環形RNA的差異表達分析提供了便捷的一站式分析工具。 環形RNA是一類在真核生物中廣泛存在的具有特殊環狀結構的非編碼RNA分子。已有文獻表明，在生物體內，環形RNA有著miRNA海綿、RBP海綿以及翻譯短肽等多項功能，在許多生物學過程中發揮著重要作用。目前研究表明，大部分環形RNA來源于蛋白編碼基因的外顯子區域。在pre-mRN......閱讀全文
趙方慶團隊開發環形RNA定量和差異表達分析新方法
2020年1月3日，中國科學院北京生命科學研究院趙方慶團隊在《自然-通訊》（Nature Communications）雜志上發表題為Accurate quantification of circular RNAs identifies extensive circular isoform sw
差異表達
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北京生科院建立單細胞環形RNA分析技術及表達圖譜
環形RNA是一類在真核細胞中廣泛存在的內源性非編碼RNA分子，在生物體發育過程中發揮重要作用。之前研究已在不同物種中鑒定出數百萬個環形RNA分子，并產生了大量用于揭示生物體組織表達模式的環形RNA數據資源。然而，由于大多數環形RNA表達量較低，傳統的轉錄組測序方法無法表征單個細胞環形RNA表達譜
環形RNA可變反向剪接和可變剪接表達圖譜被系統繪制
6月30日，國際學術期刊Genome Research 在線發表了中國科學院上海生命科學研究院計算生物學研究所楊力研究組和生物化學與細胞生物學研究所陳玲玲研究組關于環形RNA研究的最新進展：Diverse alternative back-splicing and alternative spl
基因差異表達技術
真核生物中，從個體的生長、發育、衰老、死亡，到組織的得化、調亡以及細胞對各種生物、理化因子的應答，本質上都涉及基因的選擇性表達。高等生物大約有30000個不同的基因，但在生物體內任意8細胞中只有10%的基因的以表達，而這些基因的表達按特定的時間和空間順序有序地進行著，這種表達的方式即為基因的差異表達
基因差異表達的概念
差異表達不僅有助于闡明生命的奧秘，而且還能為基因診斷與治療提供重要的理論依據。近幾年來，差異表達基因克隆技術不斷完善與發展，已成為研究腫瘤和疾病等相關基因的重要手段。
環形RNA獲新研究進展
9月18日，國際著名學術期刊《細胞》在線發表了中科院上海生命科學研究院計算生物學伙伴研究所楊力課題組和生物化學與細胞生物學研究所陳玲玲課題組關于環形RNA研究的最新進展。該研究成果首次闡明了互補序列對外顯子來源環形RNA產生的調節機制，并進一步揭示了互補序列競爭性配對介導的可變環化調控，以全新的
什么是基因的差異表達？
差異表達不僅有助于闡明生命的奧秘,而且還能為基因診斷與治療提供重要的理論依據。近幾年來,差異表達基因克隆技術不斷完善與發展,已成為研究腫瘤和疾病等相關基因的重要手段。
基因表達差異分析方法進展
? 高等真核生物的基因組一般具有80 000～100 000個基因，而每一個細胞大約只表達其中的15%［1］。基因在不同細胞間及不同生長階段的選擇性表達決定了生命活動的多樣性，如發育與分化、衰老與死亡、內環境穩定、細胞周期調控等。比較細胞間基因表達的差異為我們揭示生命活動的規律提供了依據。
差異基因表達的定義
中文名稱差異基因表達英文名稱differential gene express定 義在細胞分化過程中某些奢侈基因表達的結果生成一種類型的分化細胞，另一組奢侈基因表達的結果導致出現另一類型的分化細胞的現象。應用學科細胞生物學（一級學科），細胞分化與發育（二級學科）
環形RNA與線性RNA定量比較分析新系統CLEAR發布
1月15日，國際學術期刊Genomics,Proteomics & Bioinformatics在線發表了中國科學院－德國馬普計算生物學伙伴研究所楊力研究組關于環形RNA研究的最新進展“CIRCexplorer3: A CLEAR Pipeline for Direct Comparison o
我國科學家發現環形RNA新功能
基因“暗物質”間接參與免疫調節 人類基因“暗物質”環形RNA (核糖核酸)又被“發掘”一項新功能。中科院生物化學與細胞生物學研究所與中科院—馬普計算生物學研究所科研人員，合作研究發現了環形RNA及其生成調控過程參與抗病毒免疫反應，為環形RNA的功能和抗病毒免疫相關研究提供了新視角。日前，相關成
充滿差異的單細胞蛋白表達
哈佛大學謝曉亮小組的最新研究結構顯示，蛋白的數量（綠色）與mRNA的數量（紅色）在各個細胞中有很大差異。 科學家們近日首次實現了對物種在整個表達譜范圍內的蛋白表達噪聲測量。該項成果是單分子技術與系統生物學交互融合的典范，預示了單細胞基因表達分析時代的來臨。 在基因表達研究領域，傳
海生院發現NF90/NF110對環形RNA表達調控和功能作用新機制
6月15日，國際學術期刊《分子細胞》（Molecular Cell）在線發表了中國科學院－馬普計算生物學研究所楊力研究組和中國科學院上海生命科學研究院生物化學與細胞生物學研究所陳玲玲研究組關于環形RNA（circRNA）研究的最新進展：Coordinated circRNA biogenesis
北京生科院提出環形RNA全長轉錄本解析技術
4月12日，中國科學院北京生命科學研究院趙方慶團隊在《自然-實驗手冊》（Nature Protocols）上，發表了題為Full-length circular RNA profiling by nanopore sequencing with CIRI-long的研究論文，建立了環形RNA全長
科研家提出環形RNA全長轉錄本解析技術
近日，中國科學院北京生命科學研究院趙方慶團隊在《自然-實驗手冊》（Nature Protocols）上，發表了題為Full-length circular RNA profiling by nanopore sequencing with CIRI-long的研究論文，建立了環形RNA全長轉錄本解析
北京生科院提出環形RNA識別的新方法
環形RNA是一類新報道的結構特殊的非編碼RNA。近兩年的研究發現，環形RNA在動物細胞內廣泛存在，且大多位于基因的外顯子區域。另有研究表明，少數環形RNA分子可以充當microRNA“海綿”，在轉錄后水平對基因表達進行調控。然而，目前絕大多數的環形RNA功能仍不明確，科學家們推測其可能與蛋白質及
北京生科院發表環形非編碼RNA識別新技術
2月28日，國際學術期刊Briefings in Bioinformatics 發表了中國科學院北京生命科學研究院趙方慶團隊題為Circular RNA identification based on multiple seed matching 的最新研究成果。因為目前在環形RNA識別方面存
Ettan－DIGE熒光差異蛋白表達分析系統
原理和應用：??? Ettan DIGE熒光差異蛋白表達分析系統在傳統雙向電泳技術的基礎上，結合了多重熒光分析的方法，在同一塊膠上共同分離多個分別由不同熒光標記的樣品，并第一次引入了內標的概念，極大地提高了結果的準確性，可靠性和重復性。在DIGE技術中，每個蛋白點都有它自己的內標，并且軟件全自動根據
尋找差異表達基因方法——簡化SSH法
?無論是從一個胚胎細胞分化為不同的組織器官，或者是從正常的組織突變為腫瘤組織，都可能涉及在同一基因組背景下不同基因的差異性表達。尋找差異表達的基因就有可能揭示細胞分化的機制或者腫瘤的成因，因而也就成為一項熱門的技術。??? 尋找差異表達的基因有不少方法，抑制消減雜交（SSH）是比較有效的一種方法
lncRNA表達與RNA的延伸
LncRNA的火熱研究已經有幾年的時間了，關于lncRNA總歸是有說不完的話題。目前對lncRNA的基礎分析都已形成了一定的模式。然后，今年來lncRNA的相關文章依然如雨后春筍。 長鏈非編碼RNA(Long non-coding RNA, lncRNA)是長度大于 200 個核苷酸的非編碼 RN
Tornado表達系統實現RNA高水平表達和功能活性
RNA適配體是一種短RNA，可通過結合細胞內的分子或蛋白質調節細胞內進程。盡管RNA適配體具有潛在的應用價值，但它并沒有其他RNA技術廣泛應用，主要問題是它們不能高濃度表達，從而不能有效調節蛋白質功能，同時也阻礙了RNA裝置，例如RNA代謝物生物傳感器在哺乳動物細胞中的應用。通常，基于RNA的生
趙方慶團隊提出環形RNA轉錄本重建和定量新方法
在以往的研究中，環形RNA的識別方法主要是利用環形RNA特有結構——反向剪接序列特征進行識別。然而，由于二代測序的讀長普遍較短，研究者們雖然可以獲得大量的反向剪接位點，卻無法高通量獲得環形RNA的完整內部結構信息，也無法對不同可變剪接產物進行精確定量。 2018年1月19日，Genome Me
北京生科院在環形RNA研究領域取得新進展
6月28日，國際學術期刊Nature Communications 在線發表了中國科學院北京生命科學研究院計算基因組實驗室趙方慶團隊題為Comprehensive identification of internal structure and alternative splicing even
分子細胞卓越中心發表關于環形RNA的綜述文章
5月17日，中國科學院分子細胞科學卓越創新中心陳玲玲團隊在Cell上，在線發表了題為Circular RNAs: characterization, cellular roles and applications的綜述論文。該論文系統梳理了針對環形RNA研究的生物學技術手段，總結了其以非編碼RN
數字PCR在基因表達差異研究的應用
數字PCR由于檢測時完全不依賴傳統的Ct值即可實現真正意義上的絕對定量，因而可以提供比實時熒光定量PCR更精確的基因差異表達研究，尤其對于那些靶基因表達差異微小的情況，如：mRNA、microRNA、lncRNAs等的表達分析；等位基因的不平衡表達；單細胞基因表達分析；外泌體核酸分子定量分析等。
PNAS：小鼠模型需慎用，基因表達差異大
PNAS：小鼠模型需慎用，基因表達差異大 小鼠被廣泛用于模擬人類代謝、疾病和藥物應答，是醫學研究中的一個基本工具。然而斯坦福大學的研究團隊指出，人類和小鼠的基因表達存在著驚人的差異，不論是蛋白編碼基因還是非編碼基因。這項研究發表在十一月十七日的美國國家科學院院刊PNAS雜志上。 Mic
基因表達RNA加工的機制介紹
原核蛋白編碼基因的轉錄產生的是可以翻譯成蛋白質的信使RNA（mRNA）,但真核基因的轉錄會產生RNA的初級轉錄本（pre-mRNA）,必須經過一系列加工才能成為成熟RNA（mRNA）。RNA的加工包括5端加帽、3端多腺苷酸化和RNA剪接。RNA加工可能是真核生物細胞核帶來的進化優勢。在原核生物中
研究人員開發環形RNA定量和剪接體轉換識別新方法
2020年1月3日，中國科學院北京生命科學研究院趙方慶團隊在《自然-通訊》（Nature Communications）雜志上發表題為Accurate quantification of circular RNAs identifies extensive circular isoform sw
轉膜時間過長會不會使有差異的蛋白表達變得沒有差異
不會，只要你的每個樣本的處理時間相同，WB結果就可以反應出表達量。