海生院發現NF90／NF110對環形RNA表達調控和功能作用新機制
6月15日，國際學術期刊《分子細胞》（Molecular Cell）在線發表了中國科學院－馬普計算生物學研究所楊力研究組和中國科學院上海生命科學研究院生物化學與細胞生物學研究所陳玲玲研究組關于環形RNA（circRNA）研究的最新進展：Coordinated circRNA biogenesis and function with NF90/NF110 in viral infection。該研究通過全基因組篩選發現了一系列與環形RNA生成加工等密切相關的反式作用蛋白因子，包括與抗病毒免疫相關的NF90和NF110等，揭示其通過結合兩側內含子配對序列進而促進環形RNA產生的機制，并闡明環形RNA通過與NF90/NF110的競爭性結合在抗病毒免疫過程中發揮重要功能作用。 研究組系統揭示了順式元件－內含子互補配對序列對環形RNA表達的關鍵作用（Zhang et al., Cell 2014； Zhang et al., Cel......閱讀全文
植物所發現植物全基因組應答低溫中信使RNA降解新機制
信使RNA(mRNA)降解的動態模式是生物發育調控和適應環境的重要機制。但對植物mRNA降解在環境脅迫下的作用模式知之甚少。中科院植物研究所種康研究組通過RNA末端平行分析(parallel analysis of RNA ends)和轉錄組檢測，并借助高通量測序手段揭示了單子葉模式植物二穗
RNA測序技術如何繪制全基因組轉錄終止？
近日，南方科技大學生命科學學院翟繼先團隊利用納米孔單分子RNA測序技術繪制了擬南芥全基因組水平轉錄終止圖譜。該方法能同時捕獲包括已轉錄過polyA位點的 readthrough轉錄本、完成3’末端切割的5’或3’切割產物、以及已完成或正在進行多腺苷酸化（polyadenylation）的轉錄本在
Nature發布大型全基因組RNA分析研究
由來自賓夕法尼亞州立大學的化學家和植物生物學家領導的一個研究小組開發出了一種分子技術，將有助于科學團體以從前不可能達到的規模，來分析在基因表達調控中起重要作用的分子。 科學家們開發出了一種方法，能夠更精確預測在活細胞內核糖核酸分子(RNAs)的折疊情況，由此闡明植物以及其他的活體生物對環境
環形RNA獲新研究進展
9月18日，國際著名學術期刊《細胞》在線發表了中科院上海生命科學研究院計算生物學伙伴研究所楊力課題組和生物化學與細胞生物學研究所陳玲玲課題組關于環形RNA研究的最新進展。該研究成果首次闡明了互補序列對外顯子來源環形RNA產生的調節機制，并進一步揭示了互補序列競爭性配對介導的可變環化調控，以全新的
環形RNA與線性RNA定量比較分析新系統CLEAR發布
1月15日，國際學術期刊Genomics,Proteomics & Bioinformatics在線發表了中國科學院－德國馬普計算生物學伙伴研究所楊力研究組關于環形RNA研究的最新進展“CIRCexplorer3: A CLEAR Pipeline for Direct Comparison o
我國科學家發現環形RNA新功能
基因“暗物質”間接參與免疫調節 人類基因“暗物質”環形RNA (核糖核酸)又被“發掘”一項新功能。中科院生物化學與細胞生物學研究所與中科院—馬普計算生物學研究所科研人員，合作研究發現了環形RNA及其生成調控過程參與抗病毒免疫反應，為環形RNA的功能和抗病毒免疫相關研究提供了新視角。日前，相關成
全血RNA提取
摘要：?RNA提取應該說已經成為了一種常見的分子生物學操作步驟了，但是不少科研人員仍然煩惱著如何尋找一種最好的方法，或者找到一種適合于特殊用途方法。比如說傳統的血液標本表達譜芯片實驗需要先把有核細胞從全血中分離出來，加白細胞分離液、離心等步驟，比較繁瑣，如果能進行全血的提取，那就再好不過。RNA提取
海生院發現NF90/NF110對環形RNA表達調控和功能作用新機制
6月15日，國際學術期刊《分子細胞》（Molecular Cell）在線發表了中國科學院－馬普計算生物學研究所楊力研究組和中國科學院上海生命科學研究院生物化學與細胞生物學研究所陳玲玲研究組關于環形RNA（circRNA）研究的最新進展：Coordinated circRNA biogenesis
北京生科院發表環形非編碼RNA識別新技術
2月28日，國際學術期刊Briefings in Bioinformatics 發表了中國科學院北京生命科學研究院趙方慶團隊題為Circular RNA identification based on multiple seed matching 的最新研究成果。因為目前在環形RNA識別方面存
北京生科院提出環形RNA全長轉錄本解析技術
4月12日，中國科學院北京生命科學研究院趙方慶團隊在《自然-實驗手冊》（Nature Protocols）上，發表了題為Full-length circular RNA profiling by nanopore sequencing with CIRI-long的研究論文，建立了環形RNA全長
科研家提出環形RNA全長轉錄本解析技術
近日，中國科學院北京生命科學研究院趙方慶團隊在《自然-實驗手冊》（Nature Protocols）上，發表了題為Full-length circular RNA profiling by nanopore sequencing with CIRI-long的研究論文，建立了環形RNA全長轉錄本解析
環形RNA：從“無名之輩”到“明日之星”
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/1/516892.shtm動植物體內存在種類繁多的環形核糖核酸（circular RNA），其中以反向剪接產生的環形RNA含量最為豐富，因其具有獨特的閉環結構，近期引發全世界科學家的關注。在國家自然科學基金重大
北京生科院提出環形RNA識別的新方法
環形RNA是一類新報道的結構特殊的非編碼RNA。近兩年的研究發現，環形RNA在動物細胞內廣泛存在，且大多位于基因的外顯子區域。另有研究表明，少數環形RNA分子可以充當microRNA“海綿”，在轉錄后水平對基因表達進行調控。然而，目前絕大多數的環形RNA功能仍不明確，科學家們推測其可能與蛋白質及
全血RNA快速提取
操作步驟：（實驗前請先閱讀注意事項）提示：??第一次使用前請先在漂洗液RW瓶和70%乙醇瓶中加入指定量無水乙醇!??使用前將10X紅細胞裂解液RLB用DEPC處理水稀釋到1X。??操作前在裂解液RLT中加入β-巰基乙醇至終濃度1%，如1 ml RLT 中加入10μl β-巰基乙醇。此裂解液最好現用現
全血RNA提取實驗
全血RNA的提取可用于：（1）研究RNA干擾機制等；（2）用作反轉錄模板；（3）分子生物學其他研究。實驗方法原理紅細胞裂解液選擇性裂解紅細胞,然后獨特的裂解液/β-巰基乙醇迅速裂解白細胞和滅活細胞RNA酶，然后用乙醇調節結合條件后，RNA在高離序鹽狀態下選擇性吸附于離心柱內硅基質膜， 再通過一系列快
全血RNA提取實驗
? ? ? ? ? ? 實驗方法原理 紅細胞裂解液選擇性裂解紅細胞,然后獨特的裂解液/β-巰基乙醇迅速裂解白細胞和滅活細胞RNA酶，然后用乙醇調節結合條件后，RNA在高離序鹽狀態下選擇性吸附于離心柱內硅基質膜， 再通過一系列快速的漂洗-離心的步驟, 去蛋白液和漂
全血RNA提取實驗
實驗材料 鮮血液試劑、試劑盒 抗凝劑紅細胞裂解液RLB去蛋白液RW1乙醇漂洗液RW儀器、耗材 制冰機離心機離心管移液槍移液管針頭注射器水浴鍋實驗步驟 一、在適合大小的RNase free離心管中加入1體積（
OPGEN全基因組圖譜應用系列——鞭蟲全基因組測序
鞭蟲是一種常見的土壤傳播寄生蟲，地理分布廣，感染率高，寄生于人體盲腸，導致人體慢性感染，對人類危害巨大。鞭蟲的全基因組測序研究由著名的桑格研究院（Wellcome Trust Sanger Institute）完成，發表在世界頂級期刊《Nature Genetics》上。該研究通過對2種不同
陳玲玲，楊力受邀Cell子刊發表綜述：核重復序列
2月10日，上海生化細胞所陳玲玲研究員與上海生科院（健康院）計算生物學所楊力研究員受邀在《Trends Cell Biol》發表了題為“ALUternative Regulation for Gene Expression.”的綜述論文，系統總結了靈長類（包括人）基因組中特異的Alu短散在核重復
分子細胞卓越中心發表關于環形RNA的綜述文章
5月17日，中國科學院分子細胞科學卓越創新中心陳玲玲團隊在Cell上，在線發表了題為Circular RNAs: characterization, cellular roles and applications的綜述論文。該論文系統梳理了針對環形RNA研究的生物學技術手段，總結了其以非編碼RN
北京生科院在環形RNA研究領域取得新進展
6月28日，國際學術期刊Nature Communications 在線發表了中國科學院北京生命科學研究院計算基因組實驗室趙方慶團隊題為Comprehensive identification of internal structure and alternative splicing even
北京基因組所等發現RNA甲基化調控基因出核新機制
中國科學院北京基因組研究所精準基因組醫學重點實驗室及遺傳與發育協同創新中心楊運桂研究組和鄭州大學第一附屬醫院生殖與遺傳專科醫院孫瑩璞研究組、中國科學院生態環境研究中心汪海林研究組合作研究，揭示了m5C（5-甲基胞嘧啶）修飾在mRNA的分布圖譜規律及其對調控mRNA出核作用新機制。該研究成果以5-
北京生科院建立單細胞環形RNA分析技術及表達圖譜
環形RNA是一類在真核細胞中廣泛存在的內源性非編碼RNA分子，在生物體發育過程中發揮重要作用。之前研究已在不同物種中鑒定出數百萬個環形RNA分子，并產生了大量用于揭示生物體組織表達模式的環形RNA數據資源。然而，由于大多數環形RNA表達量較低，傳統的轉錄組測序方法無法表征單個細胞環形RNA表達譜
研究揭示環形RNA促進相分離調控腫瘤發展分子機制
環形RNA是由pre-mRNA通過反向剪接形成的閉合環狀RNA分子，在生物體內可發揮miRNA海綿、結合蛋白以及翻譯成短肽等分子功能來調控各種生理和病理過程。與線性mRNA相比，環形RNA獨特的環狀結構使其具有更高的穩定性，在細胞內可更穩定地存在。因此，環形RNA更適合作為腫瘤的分子標志物及治療
生科院提出環形RNA內部序列結構可視化新方法
1月18日，中國科學院北京生命科學研究院趙方慶團隊于Bioinformatics 雜志上在線刊發了題為Visualization of circular RNAs and their internal splicing events from transcriptomic data 的研究。該研
我國學者成功挖掘和識別哺乳動物環形RNA功能
2019年3月19日，國際學術期刊Cell Reports 在線發表了中國科學院北京生命科學研究院計算基因組學實驗室趙方慶團隊題為“Expanded expression landscape and prioritization of circular RNAs in mammals”的最新研究
中國科學院動物所團隊綜述環形RNA藥物設計
環形 RNA（circular RNA,circRNA）是一類廣泛存在于真核細胞中的內源性非編碼 RNA 分子，在生物體發育過程中發揮著重要作用。其獨特的環狀結構使其免受外切酶降解，因此比線性 RNA 更加穩定。自 2010 年代初以來，circRNA 在 RNA 適配體、 guide RNA 等領
全基因組擴增技術介紹
研究人員通常會在下游分析中遭遇DNA樣本量有限或不足的問題。QIAGEN的全基因組擴增技術通過以包括單細胞在內的小量樣本或珍貴樣本擴增獲得基因組DNA，解決此類難題。REPLI-g?Kit能夠準確地復制原始DNA樣本，不會造成偏差，擴增后的DNA可以直接應用于廣泛的遺傳學分析。什么是全基因組擴增(w
虎尾海馬全基因組破譯
中科院南海海洋研究所、德國康斯坦茨大學、華大基因和新加坡A*STAR研究院聯合破譯了虎尾海馬的全基因組。有關研究成果日前以封面文章的形式發表在《自然》雜志上。 海馬隸屬于海龍科。與其他硬骨魚不同，海馬呈現高度特殊的形態，例如頭部前方具有管狀長嘴，無腹鰭和尾鰭，尾端卷曲，全身覆蓋硬骨骼，沒有鱗片
人類全基因組測序計劃
全基因組測序是對未知基因組序列的物種進行個體的基因組測序。 1986年， Renato Dulbecco是Z早提出人類基因組測序的科學家之一。他認為如果能夠知道所有人類基因的序列，對癌癥的研究將會很有幫助。美國能源部（DOE）與美國國家衛生研究院（NIH），分別在1986年與1987年加入人類基