RNAi片段siRNA設計原則
RNAi target selection rules:Targeted regions on the cDNA sequence of a targeted gene should be located 50-100 nt downstream of the start codon (ATG).Search for sequence motif AA(N19)TT or NA(N21), or NAR(N17)YNN, where N is any nucleotide, R is purine (A, G) and Y is pyrimidine (C, U).Avoid targeting introns, since RNAi only works in the cytoplasm and not within the nucleus.Avoid sequences with > 50% G+C content.A......閱讀全文
RNAi片段siRNA設計原則
RNAi target selection rules:Targeted regions on the cDNA sequence of a targeted gene should be located 50-100 nt downstream of the start codon (ATG).S
siRNA－Oligo設計原則
1． 希望軟件可以在 web 上使用。 即用戶可以訪問我們的網站， 輸入基因代碼， 即可自行在網上設計 siRNA Oligo 。2． 可參照的軟件形式： 見如下網站：www.dharmacon.comwww.ambion.comwww.qiagen.com3． 希望能就每一個所指定的基因找到至少四
Rules－of－siRNA－design－for－RNA－interference－(RNAi)
General GuidelinessiRNA targeted sequence is usually 21 nt in length.Avoid regions within 50-100 bp of the start codon and the termination codonAvoid
RNAi及siRNA轉染相關實驗攻略
RNAi 是一種高效的特異性強的基因表達抑制，應用RNAi生物學機制進行基因功能研究已經成為一種創新性的新方法，人們第一次可以如此快速和方便地抑制細胞中特定基因的表達水平，從而用于分析特定基因在細胞中的功能。RNAi 技術還為新藥開發、疾病治療提供了創新性的方法和途徑，有著極其廣闊的應用前景。轉染是
siRNA－的設計方法
關于設計siRNA以及siRNA設計對siRNA功能的影響，至今還沒有可靠的規律。雖然我們可以通過對mRNA實驗分析準確的找到一段基因的全部siRNA最佳作用位置，但這個過程十分耗時且昂貴，不推薦常規實驗使用。一種做法是每個目標序列設計3－4對siRNAs，實驗選擇較有效的siRNA。?????目前
siRNA的設計方法
關于設計siRNA以及siRNA設計對siRNA功能的影響，至今還沒有可靠的規律。雖然我們可以通過對mRNA實驗分析準確的找到一段基因的全部siRNA最佳作用位置，但這個過程十分耗時且昂貴，不推薦常規實驗使用。一種做法是每個目標序列設計3-4對siRNAs，實驗選擇較有效的siRNA。方法一、根據T
siRNA的設計方法
關于設計siRNA以及siRNA設計對siRNA功能的影響，至今還沒有可靠的規律。雖然我們可以通過對mRNA實驗分析準確的找到一段基因的全部siRNA最佳作用位置，但這個過程十分耗時且昂貴，不推薦常規實驗使用。一種做法是每個目標序列設計3-4對siRNAs，實驗選擇較有效的 siRNA。方法一、
RNAi技術突破：siRNA體內傳遞機制
小RNAs如何進入哺乳動物細胞？ 一切開始于花：上個世紀90年代挪威的研究人員發現在矮牽牛（petunias）中有一種特殊的基因的額外拷貝可以抑制其活性，而不是如之前假想的增強其活性。幾年之后這種基因研究發現其機制基于細胞中mRNA的降解，最終在90年代末期諾貝爾獲得者Andrew Fire和C
RNAi的實驗原理和操作實用技術(1)
幾十年來生物學上最重要的進展，也許是關于RNA分子能調節基因表達的發現。RNA干涉（RNAi）是指雙鏈RNA分子使基因表達沉寂的現象，是在線蟲中發現的，在 1998年的一篇Nature論文中被公諸于眾。此后，科學家們明白，RNAi還有其他形式，它既是一種了解基因功能的強大工具，又是很多生物的基因組所
RNAi實驗原理與方法選擇（一）
一、RNAi的分子機制通過生化和遺傳學研究表明，RNA干擾包括起始階段和效應階段(inititation and effector steps)。在起始階段，加入的小分子RNA被切割為21-23核苷酸長的小分子干擾RNA片段(small interfering RNAs, siRNAs)。證
RNA干擾（RNAi）實驗原理與方法（1）
近年來的研究表明，將與mRNA對應的正義RNA和反義RNA組成的雙鏈RNA(dsRNA)導入細胞，可以使mRNA發生特異性的降解，導致其相應的基因沉默。這種轉錄后基因沉默機制(post-transcriptional gene silencing, PTGS)被稱為RNA干擾（RNAi）。一、R
用siRNA或其生物合成前體RNAi誘導
通過轉染外源siRNA進行的基因敲低通常是不令人滿意的，因為該效應僅是短暫的，特別是在快速分裂的細胞中。這可以通過產生siRNA的表達載體來克服。修飾siRNA序列以在兩條鏈之間引入短環。得到的轉錄物是短發夾RNA（shRNA），其可以通過Dicer以其通常的方式加工成功能性siRNA。典型的轉
用RNase－III制備siRNA庫來誘發RNAi(2)
Figure 1. Silencing Gene Targets by RNase III Derived siRNA Cocktails. A 200 bp dsRNA (15 μg) for each gene of interest was digested with 2.5 U RN
用RNase－III制備siRNA庫來誘發RNAi(1)
小分子干擾RNA (Small interfering RNA ，siRNA ) 是一種非常有效的工具，能夠在包括哺乳動物細胞在內的多個體系中抑制特定基因的表達，從而研究某個基因的功能或者是相關信息。但是這種強有力的方法的難題之一是需要設計，合成siRNA s 和驗證其效果，從而找到最有效的
RNAi的作用機制及siRNA的合成方法
RNAi的作用機制及siRNA的合成方法RNA干擾(RNA interference，RNAi)是由雙鏈RNA(double strandedRNA， dsRNA)分子在mRNA水平關閉相應序列基因表達或使其沉默的過程。dsRNA可以抑制不同類型細胞的靶向基因表達，用特異性的抗體幾乎檢測不到靶向
RNAi實驗原理與制備方法（一）
實驗原理通過生化和遺傳學研究表明，RNA干擾包括起始階段和效應階段(inititation and effector steps)。在起始階段，加入的小分子RNA被切割為21-23核苷酸長的小分子干擾RNA片段(small interfering RNAs, siRNAs)。證據表明；一個稱
RNAi實驗原理與方法（一）
通過生化和遺傳學研究表明，RNA干擾包括起始階段和效應階段(inititation and effector steps)。在起始階段，加入的小分子RNA被切割為21-23核苷酸長的小分子干擾RNA片段(small interfering RNAs, siRNAs)。證據表明；一個稱為Dic
RNAi的作用機制及siRNA的合成方法（二）
2.3 倍增階段??? siRNA在RNA依賴性RNA聚合酶(RdRP)的作用下，以mRNA為模板，siRNA為引物，擴增產生足夠數量的dsRNA作為底物提供給Dicer酶，產生更多的siRNA， 可再次形成RISC，并繼續降解mRNA，從而產生級聯放大效應。并作用于靶mRNA。如此反復
RNAi的作用機制及siRNA的合成方法（一）
RNA干擾(RNA interference，RNAi)是由雙鏈RNA(double strandedRNA， dsRNA)分子在mRNA水平關閉相應序列基因表達或使其沉默的過程。dsRNA可以抑制不同類型細胞的靶向基因表達，用特異性的抗體幾乎檢測不到靶向基因所表達的蛋白質。因此，RNAi技術又
RNA干擾實驗技術介紹（一）
通過生化和遺傳學研究表明，RNA干擾包括起始階段和效應階段(inititation and effector steps)。在起始階段，加入的小分子RNA被切割為21-23核苷酸長的小分子干擾RNA片段(small interfering RNAs, siRNAs)。證據表明；一個稱為Dic
RNA實驗方案和應用（二）
miRNA?模擬物是化學合成的，雙鏈RNA分子（通常長度為18–24個核苷酸），通過轉染到細胞中，模擬成熟的內源性miRNA分子。miRNA抑制劑是單鏈（通常長度為21–25個核苷酸），經過修飾的RNA分子，通過轉染到細胞中，特異性的抑制miRNA的功能。模擬物和抑制劑包含一些化學修飾，以便提高活性
引物設計的引物設計原則
1、引物長度一般為15-30bp，常用的為18-27bp，但不能大于38bp；2、引物GC含量一般為40%-60%，以45-55%為宜，上下游引物GC含量和Tm值要保持接近；3、引物所對應的模板序列的Tm值最好在72℃左右，至少要在55-80℃之間，Tm值曲線以選取72度附近為佳，5'到 3
引物設計的引物設計原則
1、引物長度一般為15-30bp，常用的為18-27bp，但不能大于38bp；2、引物GC含量一般為40%-60%，以45-55%為宜，上下游引物GC含量和Tm值要保持接近；3、引物所對應的模板序列的Tm值最好在72℃左右，至少要在55-80℃之間，Tm值曲線以選取72度附近為佳，5'到 3
引物設計的引物設計原則
1、長度：15—30bp，其有效長度[Ln=2(G十C)十(A十T)]一般不大于38，否則PCR的最適延伸溫度會超過Taq酶的最佳作用溫度(74度)，從而降低產物的特異性。2、G十C含量：應在40%一60%之間，PCR擴增中的復性溫度一般較Tm值低等于引物的Tm值減去5—10度。引物長度小于20時，
引物設計的引物設計原則
1、引物長度一般為15-30bp，常用的為18-27bp，但不能大于38bp；2、引物GC含量一般為40%-60%，以45-55%為宜，上下游引物GC含量和Tm值要保持接近；3、引物所對應的模板序列的Tm值最好在72℃左右，至少要在55-80℃之間，Tm值曲線以選取72度附近為佳，5'到 3
RNAi表達載體構建
近年來的研究表明,一些短片斷的雙鏈RNA可以通過促使特定基因的mRNA降解來高效、特異的阻斷體內特定基因表達,誘使細胞表現出特定基因缺失的表型, 稱為RNA干擾（RNA interference,RNAi）.siRNA（small interfering RNAs）就是這種短片斷雙鏈RNA分子,能夠
siRNA數據庫與設計工具
siRNA DatabaseSearchable database of Silencer ? Validated and Pre-designed siRNAs to >34,000 human, mouse, and rat targets. All siRNAs in the database
關于小干擾RNA的siRNA設計介紹
最初，siRNA序列的選擇是基于實驗經驗而獲得的（Elbashir et al. 2001，2002）。最近，生物信息學工具被用來設計siRNA（表18-1），目前多個數據庫收錄了經過實驗確證的siRNA和shRNA。值得推薦的是，在設計新的siRNA之前可以通過搜索已有的siRNA數據庫和科研
RNAi表達載體構建（一）
近年來的研究表明,一些短片斷的雙鏈RNA可以通過促使特定基因的mRNA降解來高效、特異的阻斷體內特定基因表達,誘使細胞表現出特定基因缺失的表型, 稱為RNA干擾（RNA interference,RNAi）.siRNA（small interfering RNAs）就是這種短片斷雙鏈RNA分
RNAi干擾技術及應用進展研究（三）
3.2?基因治療及藥物篩選探索由于RNAi是針對轉錄后階段的基因沉默，相對于傳統基因治療對基因水平上的敲除，整個流程設計更簡便，且作用迅速，效果明顯，為基因治療開辟了新的途徑。 其總體思路是通過加強關鍵基因的RNAi機制，控制疾病中出現異常的蛋白合成進程或外源致病核酸的復制及表達。尤其針對引起一