454高通量測序——研究土壤微生物的新手段（二）
二、高通量測序在土壤微生物研究中的應用 1.1 研究土壤微生物的物種多樣性 微生物物種多樣性主要從對微生物類群即細菌、真菌和放線菌這三大類群的數量及其比例組成來描述微生物多樣性，或者按照微生物在生態系統中的作用將其劃分成不同的功能群(function group)，通過某一功能群中物種的分類及其數量來研究土壤微生物多樣性，如對土壤中的產甲烷細菌、固氮菌、根瘤菌等的多樣性進行研究。以下是幾篇具有代表性的文章。 Roesch等[9]采用454測序法對西半球的一個大的橫斷面的4類土壤進行檢測和統計學評價。結果表明，這4種土壤中，最豐富的微生物類群擬桿菌綱、β-變形菌綱和α-變形菌綱。與農業土壤相比，森林土壤的微生物多樣性更為豐富，然而檢測結果表明森林土壤中的古生菌多樣性較少，僅為該位點所有序列的0.009%，而農業土壤的比例則為4% -12%。 土壤中細菌的多樣性差距非常大，因土壤結......閱讀全文
454高通量測序——研究土壤微生物的新手段（二）
二、高通量測序在土壤微生物研究中的應用?1.1 研究土壤微生物的物種多樣性?微生物物種多樣性主要從對微生物類群即細菌、真菌和放線菌這三大類群的數量及其比例組成來描述微生物多樣性，或者按照微生物在生態系統中的作用將其劃分成不同的功能群(function group)，通過某一功能群中物種的分類
454高通量測序研究土壤微生物的新手段
在陸地生態系統中，在土壤中生活有數量龐大的微生物種群，包括原核微生物如細菌、藍細菌、放線菌及超顯微結構微生物, 以及真核生物如真菌、藻類( 藍藻除外) 、地衣等。它們與植物和動物有著明確的分工，主要扮演“分解者”的角色，幾乎參與土壤中一切生物和生物化學反應，擔負著地球C、N、P、S 等物質循環
454高通量測序——研究土壤微生物的新手段
在陸地生態系統中，在土壤中生活有數量龐大的微生物種群，包括原核微生物如細菌、藍細菌、放線菌及超顯微結構微生物, 以及真核生物如真菌、藻類( 藍藻除外) 、地衣等。它們與植物和動物有著明確的分工，主要扮演“分解者”的角色，幾乎參與土壤中一切生物和生物化學反應，擔負著地球C、N、P、S 等物質循環的
454高通量測序——研究土壤微生物的新手段（三）
注：已用454焦磷酸測序法發表的文章總結1、Archaea predominate among ammonia-oxidizing prokaryotes in soils——?(2006) Nature 442: 806-809——if 36.1012、454 Pyrosequencing ana
454高通量測序——研究土壤微生物的新手段（一）
在陸地生態系統中，在土壤中生活有數量龐大的微生物種群，包括原核微生物如細菌、藍細菌、放線菌及超顯微結構微生物, 以及真核生物如真菌、藻類( 藍藻除外) 、地衣等。它們與植物和動物有著明確的分工，主要扮演“分解者”的角色，幾乎參與土壤中一切生物和生物化學反應，擔負著地球C、N、P、S 等物
羅氏454高通量測序平臺的特點及應用
Genome?Sequencer?FLX?(GS?FLX)系統是羅氏454?公司的第二代測序臺，GS?FLX的命名正是來源于其在多領域的靈活(flexible)應用。隨著該系統性能和應用領域的不斷提升和擴展，必將帶動整個測序領域的技術發展，對大規模基因序列研究的相關應用領域產生巨大的推動作用。美吉生
Roche－454（GS－FLX－Titanium－System）超高通量測序技術原理
Roche 454（GS FLX Titanium System）超高通量測序技術原理2005年底，454公司推出了革命性的基于焦磷酸測序法的超高通量基因組測序系統——Genome Sequencer 20 System，被《Nature》雜志以里程碑事件報道，開創了邊合成邊測序的先河。2007
DNA測序儀：454測序儀
454測序儀的出現極大促進了測序業務的開展，科研人員已經將測序技術作為解決科研工作中許多常見 問題的利器。這是因為454測序儀在以下幾個方面取得了質的突破：首先是解決了高通量測序問題；其次它簡 化了樣品準備步驟，將以往轉化大腸桿菌擴增質粒的繁瑣過程全部用簡單的體外PCR擴增法替代了；最后， 它縮小了
DNA測序454－焦磷酸測序簡介
該方法在油溶液包裹的水滴中擴增DNA（即emulsion PCR）,每一個水滴中開始時僅包含一個包被大量引物的磁珠和一個鏈接到微珠上的DNA模板分子（控制DNA濃度出現的大概率事件）。將emlusion PCR產物加載到特制的PTP板上，板上有上百萬個孔，每個微孔只能容納一個磁珠。DNA Pol
454測序應用于花生種子敗育研究
?????? 花生為豆科作物，是我國優質食用油主要油料品種之一，又名“落花生”或“長生果”，在全國各地均有種植，主要分布于遼寧、山東、河北、河南、江蘇、福建、廣東、廣西、貴州、四川等地區。在花生種子的生長發育過程中，胚栓插入土壤，膨壓將種皮推開后露出胚軸是一個重要過程，因此，胚栓入土失敗、胚軸的膨壓
llumina高通量測序平臺的應用（二）
3、可逆化學阻斷技術測序??????? 利用邊合成邊測序(Sequencing?by?synthesis)的原理，加入改造過的DNA聚合酶和帶有4種熒光標記的dNTP。這些核苷酸是“可逆終止子”，因為3’羥基末端帶有可化學切割的部分，每個循環它只容許摻入單個堿基。去除其他多余的dNTP后，用激光掃描
高通量測序在微生物多樣性研究中的應用
1、高通量測序在微生物多樣性研究中的應用介紹 微生物環境基因組學又叫宏基因組學，它是研究某一環境樣品中所包含的全部微生物的遺傳組成及其群落多樣性的一門科學，它是一種研究微生物多樣性、開發新的生理活性物質（或獲得新基因）的新理念和新方法。 第二代高通量測序技術為研究微生物群落結構提供了新的技術平臺，并
高通量測序在微生物多樣性研究中的應用介紹
1、高通量測序在微生物多樣性研究中的應用介紹 微生物環境基因組學又叫宏基因組學，它是研究某一環境樣品中所包含的全部微生物的遺傳組成及其群落多樣性的一門科學，它是一種研究微生物多樣性、開發新的生理活性物質（或獲得新基因）的新理念和新方法。 第二代高通量測序技術為研究微生物群落結
高通量測序在微生物多樣性研究中的應用介紹
1、高通量測序在微生物多樣性研究中的應用介紹 微生物環境基因組學又叫宏基因組學，它是研究某一環境樣品中所包含的全部微生物的遺傳組成及其群落多樣性的一門科學，它是一種研究微生物多樣性、開發新的生理活性物質（或獲得新基因）的新理念和新方法。 第二代高通量測序技術為研究微生物群落結
高通量測序技術——第二代測序技術
高通量測序技術是對傳統測序一次革命性的改變，一次對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定，因此在有些文獻中稱其為下一代測序技術(next generation sequencing)足見其劃時代的改變，同時高通量測序使得對一個物種的轉錄組和基因組進行細致全貌的分析成為可能，所以又被稱為深度測序(de
454用于西紅柿基因組測序
最近，西紅柿基因組學會完成了一個農業種植西紅柿品系Solanum lycopersicum的基因組圖譜，以及一個野生型西紅柿品系S. pimpinellifolium的基因組圖譜，并將其與已知的土豆基因組以及其他植物比較，尋找與水果有些特性相關的基因，相關文獻在Nature雜志作為封面文章發
羅氏454測序分析軟件升級
羅氏公司近日宣布推出一款新的軟件包(v2.8)，能顯著改善其GS FLX+系統上長讀取鳥槍法測序的性能。這一測序平臺能帶來百萬個讀取，其讀長超過1000 bp。此次改進將讓研究人員發現更多復雜的遺傳變異，并揭開隱藏在基因組、轉錄組和宏基因組樣品中難以測序的區域下的生物學秘密。 羅氏
高通量測序技術在腸道菌群多樣性研究中的應用（二）
二、腸道菌群與疾病發生之間的關聯1.? Gut Microbiota in Human Adults with Type 2 Diabetes Differs from Non-Diabetic Adults——2010《PLoS One》以往文獻報道腸道菌群與人類代謝疾病之間存在著某種關聯，為了研
高通量測序技術系統研究大豆連作障礙發生的微生物機制
黑龍江省是我國大豆的主產區，大豆種植面積占全國種植面積40%左右，隨著國家作物種植結構的調整和大豆產業振興計劃的實施，黑龍江省大豆種植面積逐步增加。長期的定位試驗和多點的田間調查證實，大豆連作1年、2年和3年產量分別下降10-15%、15-20%和20-30%。因此，東北區大豆連作障礙的發生是一
454測序參與棉花基因組進化研究工作
棉花是全球重要的經濟作物之一。它的纖維，俗稱皮棉，是紡織工業主要的天然原料。全世界棉花種植面積約5億畝，我國常年種植面積近8千萬畝。棉花不但是重要的纖維和油料植物，而且是重要的植物蛋白來源。在食用油中，棉籽油的亞油酸含量最高，達到55.6%。除此以外，棉花種子中還含有極為豐富的蛋白質和脂肪等物質
高通量測序
高通量測序技術又稱“下一代”測序技術，以能一次并行對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定和一般讀長較短等為標志。高通量測序包括：大規模平行簽名測序、聚合酶克隆、454焦磷酸測序、離子半導體測序和DNA 納米球測序等技術。 高通量測序技術是對傳統測序一次革命性的改變，一次對幾十萬到幾百萬條DN
單細胞多組學高通量測序平臺（二）
雖然single-cell sequencing的方法仍在不斷推出，但是目前使用最為廣泛、商業化成熟的方法仍是10×Genomics公司推出的ChromiumTM系統。1.2以RNA-seq為例介紹高通量單細胞測序技術單細胞測序的最主要難點是如何在短時間內分離得到最可能多的單個細胞，早期的技術代表F
轉錄組高通量測序
（第二代高通量測序技術-454） 轉錄組即特定細胞在某一功能狀態下所能轉錄出來的所有RNA的總和，是研究細胞表型和功能的一個重要手段。與基因組不同的是，轉錄組的定義中包含了時間和空間的限定。同一細胞在不同的生長時期及生長環境下，其基因表達情況是不完全相同的。羅氏GS-FLX-Titaniu
轉錄組高通量測序
（第二代高通量測序技術-454） 轉錄組即特定細胞在某一功能狀態下所能轉錄出來的所有RNA的總和，是研究細胞表型和功能的一個重要手段。與基因組不同的是，轉錄組的定義中包含了時間和空間的限定。同一細胞在不同的生長時期及生長環境下，其基因表達情況是不完全相同的。羅氏GS-FLX-Titaniu
轉錄組高通量測序
（第二代高通量測序技術-454） 轉錄組即特定細胞在某一功能狀態下所能轉錄出來的所有RNA的總和，是研究細胞表型和功能的一個重要手段。與基因組不同的是，轉錄組的定義中包含了時間和空間的限定。同一細胞在不同的生長時期及生長環境下，其基因表達情況是不完全相同的。羅氏GS-FLX-Titanium第二代
轉錄組高通量測序
（第二代高通量測序技術-454） 轉錄組即特定細胞在某一功能狀態下所能轉錄出來的所有RNA的總和，是研究細胞表型和功能的一個重要手段。與基因組不同的是，轉錄組的定義中包含了時間和空間的限定。同一細胞在不同的生長時期及生長環境下，其基因表達情況是不完全相同的。羅氏GS-FLX-Titaniu
高通量測序技術在腸道菌群多樣性研究中的應用
在人體腸道中生活著數以萬億的共生菌群，它們的種類繁多，可達上千種，數量也很驚人，是人體細胞總量的10倍以上，迄今為止，仍有80%以上的微生物不為人知。這些腸道微生物和人體存在著互利共生的關系，對于維持人類的健康發揮著重要的作用。它們在腸道中保持著一種動態的平衡，能夠合成維生素、幫助人體從食物中吸收
454測序用于美洲奶牛種牛基因組測序項目
一只名為Pawnee Farm Arlinda Chief的種牛和它的兒子Walkway Chief Mark大約有60000個后代，其后代是牛奶生產的主力。最近一項研究中1，科學家通過454全基因組測序，掌握了他們的基因組中控制重要性狀的基因，包括抗病能力、牛奶產量，這些性狀已通過北美的當
神秘微生物的發現為海洋生態系統研究帶來新視角
首篇利用454測序系統全新GS FLX Titanium試劑發表的論文聚焦宏基因組學?一種在公海中發現的非同尋常的微生物迫使科學家們不得不重新思考他們對于海洋生態系統中碳氮循環的理解。一個來自美國加利福尼亞大學的研究小組利用羅氏屬下454生命科學公司全新的GS FLX Titanium系列試
第二代測序技術：高速發展的高通量測序技術
高通量測序技術是對傳統測序一次革命性的改變，一次對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定，因此在有些文獻中稱其為下一代測序技術(next generation sequencing)足見其劃時代的改變，同時高通量測序使得對一個物種的轉錄組和基因組進行細致全貌的分析成為可能，所以又被稱為深度測