高通量測序技術又稱“下一代”測序技術,以能一次并行對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定和一般讀長較短等為標志。高通量測序包括:大規模平行簽名測序、聚合酶克隆、454焦磷酸測序、離子半導體測序和DNA 納米球測序等技術。
高通量測序技術是對傳統測序一次革命性的改變,一次對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定,因此在有些文獻中稱其為下一代測序技術足見其劃時代的改變,同時高通量測序使得對一個物種的轉錄組和基因組進行細致全貌的分析成為可能,所以又被稱為深度測序。