2013年12月8日，由首都醫科大學附屬北京朝陽醫院、AB SCIEX公司主辦的第四十期質譜沙龍活動在北京朝陽醫院順利舉辦，來自北京師范大學、北京朝陽醫院、中科院微生物所、空軍總醫院的百余名專家學者齊聚一堂共同參加了此次沙龍活動，分析測試百科網作為支持媒體對質譜沙龍活動進行長期報道。
來自中科院微生物研究所的羅元明副研究員為我們帶來了題為《生物質譜與蛋白翻譯后修飾研究方法學》的報告，在本次報告中羅研究員根據自己的研究方向向大家介紹了質譜技術在微生物領域的研究內容，羅研究員首先講到幾種常見的蛋白翻譯后修飾(PTM)包括：糖基化、甲基化、乙酰化、磷酸化等等。
功能蛋白質組學的主要研究方向是蛋白相互作用、亞細胞定位以及翻譯后修飾等。蛋白相互作用復合物的研究，對儀器的分子量和分辨率提出了新要求：比如分子量為幾十萬的蛋白復合物，其分子伴侶很小，如用MALDI-TOF測定，反射時分子量范圍不夠，用線性模式分辨率不夠無法觀察分子伴侶；所以必須要上高分辨率(如Q-TOF或Orbitrap)的液質聯用，才能看到分子伴侶。
在蛋白質翻譯后修飾研究中甲基化、磷酸化研究相對來說是比較難的，其它相對簡單，不需要特異的富集；接下來羅研究員主要介紹了蛋白質甲基化、蛋白質磷酸化這兩種分析方法。
隨后羅研究員介紹了蛋白質甲基化一般發生在賴氨酸上，產生單甲基化、雙甲基化和三甲基化，少數情況也發生在谷氨酸上。羅研究員介紹了其發表在核酸研究(Nucl Acids Res)上的工作：其研究了一種嗜熱菌，首先采用MALDI-TOF質譜技術，觀察到峰之間都相差14Da，推測可能是甲基化反應，然后通過酶切后作一級質譜找甲基化片段，之后在TOF/TOF二級質譜上找到賴氨酸標記的甲基化14的片段。
羅老師表示甲基化/乙基化相對糖基化/磷酸化要好做一些；另外該實驗測定的蛋白的大小為6000 Da，MALDI-TOF可以檢測，但當面臨更大的蛋白樣品時，只能采用高分辨液質聯用技術。
然后羅研究員介紹到蛋白磷酸化也是有規律的，位點一般發生在絲氨酸、蘇氨酸和酪氨酸這類氨基酸上。分析步驟一般首先鑒定蛋白質，鑒定后通過數據庫尋找到它的磷酸化 一級碎片，通過優化能量，得到信息比較詳細的二級碎片，把帶有磷酸基團的碎片標記上，則說明鑒定是成功的。由于磷酸化信號很弱，一般利用磷酸化抗體進行富 集處理；也可利用結合親和色譜螯合離子/金屬離子的方法(如Fe3+、Ga3+)。Millipore公司也提供Tip頭吸附來富集；也有人用熒光染色的方法來找到磷酸化的蛋白質。
最后羅研究員詳細介紹了基于穩定同位素標記的比較蛋白質組(修飾)學研究策略，包括樣品處理以及樣品對照。
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