NCBI使用方法之一：Mapviewer查找基因序列，RNA，啟動子

下面以人的IL6（白細胞介素6）為例講述一下具體的操作步驟

一、打開Map viewer頁面，網址為

在search的下拉菜單里選擇物種，for后面填寫你的目的基因。
 

二、點擊“GO”：

三、在步驟二圖示的右下角有一個Quick Filter,下面是讓你選擇的幾個復選框，在Gene前面的小方框里打勾，然后點擊Filter：

說明一下：

1、染色體的紅色區域即為你的目的基因所處位置。

2、下面參考序列給出了三個，是不同的部門做出來的，經我驗證，序列有微小的差異，但總體來說基本相同。盡管你分別點擊后，序列代碼、序列代碼等有所差異，但堿基基本一致，不影響大家研究分析序列。現在普遍采用的是最上面的那個序列，這一條是世界范圍的生物科學家用計算機合成的一個序列。我也推薦大家使用這個序列。

四、點擊上述三條序列第一條序列（即reference）對應的"Genes seq"，出現新的頁面，

五、點擊上圖出現的“Download/View Sequence/Evidence ”，即下載查看序列等功能，

先對上面這張圖做點簡要的說明，在Sequence Format（序列輸出格式）后面是一個下拉式選擇菜單，默認的為FASTA格式，還有一個是GenBank格式。我推薦大家選擇GenBnak格式，因為這個格式提供了很多該基因的信息，而FASTA格式只有基因序列。

六、在Sequence Format后選擇GenBank，然后點擊下面的Display，目的基因的相關信息和序列就出現在眼前了。

在上述打開的網頁中，你可以看到基因長度，基因序列，以及這個基因是如何被報道出來的等各種信息。

你會看到: mRNA join(3598..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057, 7803..8394) 這代表了從基因的3598位開始就是轉錄區了，即我們常說的mRNA片斷，由于內含子的存在，所以mRNA在DNA序列上分成了幾段。

CDS join(3660..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057, 7803..7970)

CDS代表編碼序列，即蛋白編碼區是從3660開始的（ATG），由于剪接作用所以CDS區也是不連續的。

說到這里，可能很多朋友都已經明白了promoter即啟動子區域在哪里了。但我還是再嘮叨幾句：轉錄起始位點前面是基因的調控區，啟動子區沒有明顯的位置定義，大家也只是猜測它的大體位置，如果你要研究promoter區的話，建議你選擇轉錄起始位點前的2000個堿基進行研究，一般默認的是這樣。當然你如果覺得長度太長不好研究的話，也可以只研究-1000到0這一千個堿基，因為一般情況下，啟動子區的變異都在這個區域內。

這樣大家就可以找到自己的目的基因序列和啟動子了，這種方法可能使用的人不是很多，但我個人比較喜歡，因為它最大的優點是可以找到啟動子區域和其他調控區域。希望大家可以發帖交流，讓我們把NCBI用的更好！