cRNA探針：是以cDNA為模板，通過體外轉錄而獲得的。因為它是一種單鏈探針，因此也避免了應用雙鏈cDNA探針做雜交反應時存在的兩條之間的復性問題。cRNA與RNA之間形成的雜交體要比cDNA-RNA雜交體穩定。cRNA-RNA之間形成的雜交體不受RNA酶的影響。因此雜交反應后可用RNA酶處理，以除去未結合的探針。由于cRNA探針具有以上這些優點，cRNA探針的雜交飽和水平又比雙鏈DNA探針高出8倍，因此在原位雜交中應用廣泛。cRNA探針的缺點是：探針的制備過程比較復雜，需要較好的分子生物學實驗設備，它對RNA酶敏感，易受破壞，操作中要謹防RNA酶污染。
單鏈cDNA探針：由于cDNA中不存在內含子及其它高度重復序列，又克服了雙鏈cDNA探針在雜交反應中兩條鏈之間復性的缺點，從而提高了雜交反應的敏感性。但由于單鏈cDNA探針的制備比較困難，在RNA原位雜交中已很少見有應用。
寡核苷酸探針：人工合成的寡核苷探針是以核苷酸為原料，通過DNA合成儀合成，避免了真核細胞中存在的高度重復序列帶來的不利影響。由于大多數寡核苷酸序列較短，不需要純化，組織穿透性極好。根椐目的基因的特異性序列設計的探針，特異性較強。合成的寡核苷酸探針的缺點是：探針長度必須適宜，探針太長可造成內部錯誤配對雜交，探針太短可形成非特異性結合。它與mRNA形成的雜交體不如cRNA-RNA雜交體穩定，再則探針較短，所攜帶的標記物少，敏感性較低。