（1）進行性脊髓性肌萎縮：主要是與少年型脊肌萎縮癥（Kugelberg-Welander病）鑒別，該病表現為下肢近端力弱，站立時腹部前凸，行走時似鴨步，與DMD臨床表現相似。但肌電圖呈典型的神經源性改變，血清CK正常或輕度增高，肌肉活檢病理為神經源性損害有助于鑒別。
（2）酸性麥芽糖酶缺陷病：即糖原累積病Ⅱ型，其兒童型以肢體近端肌肉無力為主要表現，個別患者有心臟擴大，甚至心衰，常見呼吸衰竭，于3～24歲死亡，與DMD相似。成人型表現為緩慢進展的進行性、對稱性四肢肌肉萎縮、力弱，近端比遠端重，軀干肌及骨盆帶肌明顯，易誤診為LGMD。肌肉活檢病理檢查是主要的鑒別方法，酸性麥芽糖酶缺陷病可發現肌纖維空泡狀改變，PAS染色深染，分布不均勻，酸性磷酸酶染色強陽性。電鏡下可見肌膜下、肌絲間糖原累積。肌肉組織、培養的成纖維細胞、淋巴細胞測定酸性麥芽糖酶減少可以確診。
（3）慢性多發性肌炎：成年人對稱性肢體近端無力，血清肌酶升高，是慢性多發性肌炎和LGMD的共同特征，但前者沒有家族遺傳史，病情進展較快，多有肌痛，肌肉病理符合肌炎改變，用皮質類固醇激素或免疫抑制劑治療有效，不難鑒別。
（4）Charcot-Marrie-Tooth病：遠端型肌病主要表現為下肢遠端伸肌及屈肌萎縮力弱，因而與Charcot-Marrie-Tooth病（CMT）的臨床表現相似。但CMT的典型表現為大腿及前臂下1/3以下的肌肉萎縮，有或無感覺減退，肌電圖表現為神經源性損害，CMT1A運動傳導速度顯著減慢，腓腸神經病理有髓鞘脫失以及增生性的洋蔥球狀改變等可以鑒別。
（5）重癥肌無力：主要是與眼咽型肌營養不良區別。重癥肌無力的肌無力具有波動性，易疲勞性的特點，新斯的明試驗陽性，肌電圖檢查重復神經電刺激低頻時可見波幅遞減。
（6）進行性眼外肌麻痹：易于眼咽型肌營養不良混淆。該病為一線粒體肌病，表現為上瞼下垂，眼球活動受限，可伴有四肢近端的肌無力。肌肉活檢病理在改良的Gomori三色染色下可見肌膜下出現不規則的紅色邊緣，即不整邊紅纖維（ragged red fiber, RRF），電鏡下證實為堆積的線粒體膜，進行線粒體DNA分析也有助于診斷。
