(1) 離子束濺射
因樣品在空氣中極易吸附氣體分子（包括元素O、C等），當需要分析氧、碳元素或清潔被污染的固體表面時，應先用離子束濺射樣品，去除污染物。
(2) 樣品制備
含有揮發性物質和表面污染的樣品：對樣品加熱或用溶劑清洗。清洗溶劑：正己烷、丙酮、乙醇等。絕對禁止帶有強磁性的樣品進入分析室，因磁性會導致分析器頭及樣品架磁化。樣品有磁性時，俄歇電子在磁場作用下偏離接受角，不能到達分析器，得不到AES譜。帶有微弱磁性的樣品：通過退磁的方法去掉微弱磁性。
(3) 樣品荷電問題
通常情況下只能分析固體導電樣品；經過特殊處理，絕緣體固體和粉末樣品也可以分析。
粉末樣品：一種是用導電膠帶直接把粉體固定在樣品臺上，另一種是把粉體樣品壓成薄片，然后再固定在樣品臺上
導電性能不好的樣品如半導體材料、絕緣體薄膜，在電子束的作用下，其表面會產生一定的負電荷積累，此即俄歇電子能譜的荷電效應。樣品表面荷電相當于給表面自由的俄歇電子增加額外電場，使俄歇動能變大。荷電嚴重時不能獲得俄歇譜。
100nm厚度以下的絕緣體薄膜，若基體材料導電，其荷電效應基本可自身消除。
對于絕緣體樣品，可通過在分析點周圍鍍金的方法解決荷電效應。也有用帶小窗口的Al、Sn、Cu箔等包覆樣品的方法。