嬰幼兒胃食管反流的臨床表現輕重不一，主要與反流的強度、持續時間、有無并發癥以及小兒的年齡有關。嬰幼兒胃食管反流通常有以下4種表現：
1.反流引起的癥狀
嘔吐為典型表現，大多數患兒生后第1周即出現嘔吐，多數小兒雖未經臨床治療可在6個月至1年內自行緩解，實際上這部分患兒屬生理性反流范疇，臨床不需特殊治療。僅少數患兒表現為反復嘔吐，并逐漸加重。年長患兒可有反酸、打嗝等表現。
2.反流物刺激食管引起的癥狀
反流物損傷食管黏膜使之發生炎癥變化。嬰幼兒癥狀不典型，可表現為易激惹、睡眠不安、拒食和喂食困難，年長兒可表現為燒心、胸骨后痛、吞咽性胸痛等癥狀，重者可出現嘔血或吐咖啡樣物，此類患兒多有貧血。
3.食管以外的刺激癥狀
部分患兒因吸入反流物可反復出現嗆咳、哮喘、支氣管炎和吸入性肺炎等呼吸道感染癥狀，反流引起的哮喘無季節性，常有夜間發作。在新生兒，反流可引起突然窒息甚至死亡。個別出現口腔潰瘍及牙病、中耳炎等，而反流癥狀卻不明顯。
4.并發癥及其他
（1）食管狹窄：患兒常逐漸出現吞咽困難，進干食后噎感，進一步發展進流食也困難。或出現食物嵌頓。
（2）出血和穿孔：反流性食管炎可引起少量滲血，有的表現便隱血陽性或缺鐵性貧血，彌漫性食管炎或食管潰瘍時可發生較大量出血。偶爾，嚴重的食管炎或Barrett's食管潰瘍、可并發食管穿孔。
（3）Barrett's食管：為長期慢性胃食管反流的并發癥，癥狀為咽下困難、胸痛、營養不良和貧血。其中部分患兒可發展為食管癌。
（4）生長停滯與貧血：因嘔吐及食管炎引起喂養困難而攝食不足，從而導致營養不良和生長停滯是嬰幼兒GERD的重要合并癥。食管炎較重時可引起慢性失血性貧血。
