一般采用非手術療法及對癥處理。總的原則為加強全身支持療法，糾正水電解質紊亂，緩解中毒癥狀，抗感染，積極防治休克及其他并發癥。
1.禁食
禁食是本病的重要治療措施，血便和腹脹期間，臨床一旦考慮有壞死性腸炎的可能，即應開始禁食，中、重度腹脹者應盡早進行胃腸減壓，經鼻插十二指腸管行胃腸減壓。
2.糾正和維持水及電解質、酸堿平衡
重癥病例水與電解質失衡比較突出，低血鈉和低血鉀比較多見。因禁食時間較長，因此必須精確地計算出入量及熱量，根據患兒年齡給予維持生理的需要量，并補足累積損失和繼續損失量。
3.營養支持。
4.血管活性藥物治療。
5.中毒性休克治療
早期發現休克及時搶救。嚴重壞死性腸炎常合并中毒性休克，并常是致死的主要原因。具體措施同感染性休克的處理，開始應迅速補充血容量，改善組織缺氧、糾正酸中毒，應用血管活性藥物，采用低分子右旋糖酐，山莨菪堿注射液及人工冬眠療法為主的搶救方案，防治重要臟器功能衰竭等。
6.抗凝血治療
壞死性腸炎患兒發生DIC的概率較高，有人觀察發現，小兒急性出血性壞死性腸炎患兒約2/3的病例DIC檢查陽性，故對重癥病例進行抗凝血治療是很有必要的。一般采用肝素治療，靜脈滴注或靜脈注射，注意觀察有無出血傾向，維持凝血時間（試管法）20～30分鐘為宜。
7.抗生素應用
選用對腸道細菌敏感的廣譜抗生素，如氨芐西林（氨芐青霉素）加用核糖霉素、奈替米星（乙基西梭霉素）或第二代、第三代頭孢菌素。也可口服甲硝唑。
8.胰蛋白酶應用
病變的發生與胰蛋白酶活性減低及分泌減少有關，建議常規口服胰蛋白酶。有休克及重癥者加肌內注射。胰蛋白酶可水解Welchii桿菌產生的B毒素，減少其吸收，并可清除腸道壞死組織，有利于病變恢復。
9.腎上腺皮質激素
為抑制變態反應，減輕中毒癥狀，對重癥及休克病人應早期應用，用藥不超過3～5天。氫化可的松或地塞米松靜脈滴注。如應用時間過長（>1周），有促進腸壞死、誘發出血和腸穿孔的危險。
10.外科治療
手術治療指征為：①腸梗阻保守治療無效；②明顯腹膜炎癥狀或有腸穿孔者；③多次大量出血，內科止血無效者；④中毒性休克搶救無效或不穩定者；⑤腹部癥狀迅速惡化，明顯腹脹，有固定壓痛點，估計為腸壞死加劇所致者。手術前應積極改善一般情況，包括禁食、胃腸減壓、抗休克、輸血、糾正水電解質紊亂。如休克經4～6小時積極搶救無好轉，即應行手術探查。
如腸梗阻癥狀明顯，疑有腹膜炎、腸壞死、腸穿孔者；或X線檢查中見腸管擴張無張力、輪廓模糊粗糙、腹腔滲液顯著時，應考慮緊急手術治療。手術方法可根據腸管病變的程度進行選擇腸切除吻合、減壓造瘺及腹腔引流等。