1.介入手術治療
布加綜合征首選介入手術治療，創傷小，效果好。下腔靜脈或肝靜脈合并血栓者，可先插管溶栓治療，待血栓完全溶解后可行球囊擴張治療，將狹窄段血管擴開。球囊擴張效果差者可行肝靜脈和或下腔靜脈支架置入治療。
2.內科治療
內科治療包括低鹽飲食、利尿、營養支持、自體腹腔積液回輸等。對于起病1周內單純血栓形成的急性期患者，可以用抗凝劑治療，但大多數病例于血栓形成后幾周或幾個月才獲確診。對于大多數病例，保守治療雖可以贏得側支循環形成的時間，但患者最后仍需手術治療。布加綜合征患者，特別是晚期患者，常有頑固性腹腔積液、嚴重營養不良。作為手術前的支持療法，內科治療可以改善患者全身情況，減少手術死亡率，有利于患者術后康復。
3.外科治療
（1）隔膜撕裂術 經右心房隔膜撕裂術：方法是經右前第4肋外胸切口或經胸骨切口進入胸腔，于右膈神經前縱行切開心包。
（2）下腔靜脈-右心房分流術。
（3）腸系膜上靜脈-右心房分流術。
（4）根治性手術 根治手術雖然直接去除了原發病灶，但在同時伴有下腔靜脈炎癥的病例中仍有復發的可能。