1.手術治療
（1）適應證與禁忌證 小兒胃食管反流需行手術治療的僅占全部患兒的5%～10%，故手術適應證需要慎重選擇。下列情況為抗反流手術指征：①內科系統治療無效或停藥后很快復發者；②先天性膈疝引起反流者；③有嚴重的反流并發癥，如食管炎合并出血、潰瘍、狹窄等；④由反流引起的反復發作性肺感染、窒息等；⑤客觀檢查證實為病理性反流者（如動態pH監測）；⑥堿性胃食管反流。
（2）手術原則 抗反流手術是通過胃底賁門部的解剖重建，恢復其正常的關閉能力，阻止反流發生，即能正常吞咽，又能在需要時發生嘔吐。
（3）常用手術方法 ①Nissen手術 即360°全胃底折疊術，是臨床常用的抗反流手術。②Belsey4號手術 為240°胃前壁部分折疊術。
（4）手術療效判定 抗反流手術療效的判定可參考如下指標：①胃食管反流癥狀及合并癥完全消除；②能夠呃逆，排出胃內多余氣體；③必要時可嘔吐；④胃食管反流的客觀檢查如24h動態pH監測、胃食管動力學檢查等恢復或接近正常范圍。
2.一般治療
小兒尤其是新生兒、嬰兒的胃食管反流治療中，體位與飲食喂養十分重要。
（1）前傾俯臥位 患兒體位以前傾俯臥30°位最佳（包括睡眠時間）。Meyers和Herbst相繼證實，此種體位的優點是食管胃連接處位于最上方，減少了與酸性物的接觸，較睡眠右側臥位或上半身抬高位，更利于胃排空和減少反流。Orenstein等經觀察證實：常用的體位治療（常規的>45°或端坐位）反而促使胃食管反流加劇，Jolly椅坐位發生反流次數是前傾俯臥30°位的4倍。
（2）高蛋白低脂肪餐 正常生理性胃食管反流很罕見發生在睡眠期，多數在餐后2h之內，所以喂養可采用黏稠厚糊狀食物，少量、多餐，以高蛋白低脂肪餐為主，能改善癥狀或減少嘔吐次數，晚餐后不宜再喝飲料以免發生反流，避免應用刺激性調味品和影響食管下括約肌張力的食物和藥物。
3.藥物治療
近10年來發展很快，主要藥物為促胃腸動力劑與止酸劑兩大類，合用對反流性食管炎療效更佳。藥物治療胃食管反流在成年人與較大兒童中已積累了較多的經驗，但在新生嬰兒期僅處在觀察、試用研究中，故對后者應用時要慎重。
（1）促胃腸動力藥 ①氯貝膽堿（氨甲酰甲膽堿） 擬副交感神經藥，增加食管下括約肌張力，減少胃食管反流，也能增進食管收縮幅度，有清除酸性物質及促進胃排空的作用，小兒劑量為8.7mg/m2體表面積。副作用主要表現腹部痙攣、腹瀉、尿頻與視力模糊等，但副作用輕、短暫。哮喘是用藥的相對禁忌證。②甲氧氯普胺 為周圍與中樞神經系統多巴胺受體拮抗藥，可促使節后神經末梢乙酰膽堿釋放，增加食管收縮幅度和食管下括約肌張力，促進胃排空，對胃酸分泌無作用。但長期服用副作用嚴重，約1/3患兒服用后出現神經、精神癥狀，如焦慮、不安定、失眠及急性錐體外系癥狀，往往迫使中止服藥，臨床長期服用并不理想。③多潘立酮（嗎丁林） 其抗嘔吐和胃動力學作用基于它拮抗多巴胺受體，影響胃腸運動。由于對血腦屏障的滲透力差，故對腦內多巴胺受體無抑制作用，因此可排除精神和神經副作用。本藥可使胃腸道上部的蠕動和張力恢復正常，促使胃排空，增加胃竇和十二指腸運動、協調幽門的收縮，還可增強食管的蠕動和食管下括約肌的張力。副作用偶見輕度瞬時性腹部痙攣及可觀察到血清泌乳素水平增高，但停藥后即可恢復正常。服用本藥時尚需注意同時使用抗膽堿能藥品可能會減弱藥物作用。另外，在1歲以下兒童由于其代謝和血腦屏障功能發育尚不完全，故對幼兒給藥應非常小心。④西沙必利 系一種新型有效的食管、胃腸道新動力藥。它可增加胃排空及食管下括約肌壓力，部分作用類同膽堿能機制，包括從肌間神經叢中釋放乙酰膽堿，對胃酸分泌無作用，也不增加食管蠕動。作用范圍較廣，能改善整個消化道的運動功能。據報道在服用3～7天后即可明顯改善反流。如合并支氣管肺部病變，于服藥后，至數周不但反流消失，肺部癥狀也獲改善或消失。藥物副作用少，僅有少數患兒發生短暫的腹鳴、稀便，系由于胃腸道運動活動增強所致。
（2）止酸藥 ①西咪替丁（甲氰咪胍） 組胺H2受體阻斷藥，此藥對減少胃酸分泌有效。近年Cucchiara報道用該藥與配合抗酸藥物治療反流性食管炎較有效。其副作用少。一般未發現嚴重不良反應。可有血肌酐輕度增高或血清轉氨酶升高，停藥后即可恢復正常。少數長期服用可出現男性乳房發育，有時有頭痛、便秘和腹瀉，一般不影響治療。也偶見藥熱、皮疹，胃功能減退者應酌情減量。②雷尼替丁 作用迅速，是有效的組胺H2受體拮抗藥。作用較西咪替丁強，它能抑制激發性胃酸分泌，即減少其分泌量，也降低其中所含的酸度與胃蛋白酶。雖無提高食管下括約肌張力的作用，但對治療反流性食管炎有良效。不良反應少，國外應用多年從未見有嚴重不良反應的報道。少數患兒（7%～8%）出現乏力、頭痛、頭昏和皮疹。腎功能減退的患兒應酌情減少用量。③奧美拉唑 是新一類的胃酸分泌抑制藥，取代了苯并咪唑。其特征是可抑制H+/K+-ATP酶，阻斷胃壁細胞H+分泌的最后共同通道。在體內測量奧美拉唑和西咪替丁對組胺刺激胃酸分泌的抗分泌作用，前者比后者強10倍。④法莫替丁 據文獻報道法莫替丁治療Ⅰ、Ⅱ期反流性食管炎有良效，Sekigochi報道成人用藥12周內82%患者內鏡檢查愈合。其與奧美拉唑對小兒病例的應用尚在觀察中，應用尚未普遍。
（3）黏膜覆蓋藥物 反流性食管炎有潰瘍形成或有黏膜糜爛時，此藥可覆蓋在病損表面形成一層保護膜，減輕癥狀，促進愈合。此類藥有硫糖鋁、藻酸鹽抗酸藥、枸櫞酸鉍鉀（膠體次枸櫞酸鉍，CBS）等。國內市場上也采用雙八面體蒙脫石（思密達）治療食管炎，收到十分滿意的療效，雙八面體蒙脫石對消化道黏膜具有強的覆蓋能力，并通過與黏液糖蛋白的相互結合，修復和提高黏膜屏障對攻擊因子的防御功能。