內鏡檢查是診斷反流性食管炎最準確的方法，能直接察見黏膜病變，可判定反流性食管炎的嚴重程度和有無并發癥。結合活組織檢查可與其他原因引起的食管炎相鑒別，有利于明確病變的良惡性質。由于正常食管末端2.5cm范圍黏膜的組織學發現可呈輕度炎癥，故須在胃食管交界上方5～10cm處采取黏膜標本。內鏡下見到有反流性食管炎可確定GERD的診斷，但食管顯示正常，也不能除外GERD，此時須應用食管pH監測、食管吞鋇X線檢查等方法綜合判斷。根據食管黏膜損害程度，內鏡下對反流性食管炎進行分級診斷有利于病情判定及指導治療。所提出的分級標準很多，沿用已久的Savary-Miller分級法將反流性食管炎分為4級：Ⅰ級為單個或幾個非融合性病變，表現為紅斑或淺表糜爛；Ⅱ級為融合性病變，但未彌漫或環周；Ⅲ級病變彌漫環周，有糜爛但無狹窄；Ⅳ級呈慢性病變，表現為潰瘍、狹窄、食管縮短及Barrett食管。反流性食管炎時，齒狀線常較模糊，食管下段的毛細血管增生，常有白色小顆粒或斑點，為鱗狀上皮增生。部分患者伴有食管裂孔疝，表現為齒狀線上移，與裂孔水平間可見了疝囊，賁門常呈開放狀態。