造成1999年臺灣地區腸病毒流行的另一種主要病毒株為柯薩奇A16型（Coxsackievirus A16），其與EV 71一樣均會引起手足口病，單就臨床癥狀而言，此二者很難分辨（但一般EV 71較易導致高燒且高燒期間較久），只能依靠實驗室的病毒檢驗技術來鑒別，但就后遺癥而言，柯薩奇A16型要比EV 71小，但仍須密切注意。
