早在1957年，新西蘭曾爆發一場神秘的疫情，很多3歲以下的孩子先后出現了手足發紅等癥狀，并有孩子死去。
到底是“誰”盯上了這么小的孩子，答案到了第二年才部分揭曉。之所以說部分揭曉，是因1958年只是從患兒的體內分離出了柯薩奇病毒（Coxsackieviruses），1959年，這種病被命名為手足口病（hand -foot and mouth disease）。
此次疫情爆發12年后的1969年，EV71病毒在美國被分離出來，而這個發現的過程也頗為曲折。美國加利福尼亞州的醫學研究人員從一些患有中樞神經系統疾病的嬰兒糞便標本中分離出部分病毒毒株，在電子顯微鏡下，這些毒株的形態與已知的普通腸道病毒沒有兩樣。
但是，在其后的試驗中人們發現，這種新發現的毒株與之前已知的腸道病毒在生物學特性上并不完全一致。鑒于這種情況，1979年，國際病毒命名委員會將這種病毒定為了一種新型腸道病毒。