在發生壞死性小腸結腸炎的新生兒中,在小腸中通常有三個因素出現：持續的腸缺血損害,細菌定植,腸腔內底物（如經腸喂養）。
引起壞死性小腸結腸炎的原因尚不明確。已確信腸缺血損害可破壞腸道產生粘液,導致腸道易受細菌侵襲。一旦開始喂養,為腸道細菌繁殖提供了充足的底物,而細菌可滲透過腸壁,產生氫氣并積聚,產生X線上特征性的腸壁積氣,氣體并可進入門靜脈,通過腹部X線平片或肝臟B超可見到肝臟上面的門靜脈積氣。隨著病變的進展,可導致整層腸壁的壞死,穿孔,腹膜炎,敗血癥和死亡。
缺血性損害可由于缺氧性損害所觸發的原始潛水反射引起的腸系膜動脈痙攣,導致腸道的血流明顯減少；在換血過程中,敗血癥時期或用高張力配方奶喂養時,腸道血流減少導致腸缺血性損害。同樣,先天性心臟病可減少體循環血流,或動脈血氧飽和度的降低,導致腸道發生缺氧/缺血,從而發生壞死性小腸結腸炎。
關于母乳喂養提供保護性作用的說法尚未得到證實。
腸壞死從粘膜層開始,逐漸累及腸壁全層,導致穿孔,1/3的新生兒發生敗血癥。
癥狀
嬰兒可表現為腹脹的腸梗阻,胃膽汁性殘留（在喂養后）可逐漸發生嘔吐膽汁,或肉眼或鏡下血便,敗血癥可表現為嗜睡,體溫不穩,呼吸暫停發作的增多和代謝性酸中毒。
診斷
對早產兒（已開始喂養）的大便作隱血篩查或還原物檢查可幫助早期診斷壞死性小腸結腸炎。早期X線檢查無特異性,僅顯示腸梗阻,但是重復X線檢查,位置固定的擴張腸段提示壞死性小腸結腸炎的存在,壞死性小腸結腸炎的X線診斷為腸壁積氣和門靜脈積氣,氣腹提示腸穿孔,需要急診外科手術治療。