潛伏期數小時至數天、數周。多急性起病，少數起病較緩慢。臨床表現輕重不一，以胃腸道癥狀最突出，出現納差、惡心、嘔吐、腹脹、腹痛、腹瀉，可伴里急后重，腹瀉次數可多至十幾、二十多次，甚至不計其數，糞便呈水樣便、黏液便、膿血便，分泌性腹瀉一般不出現腹痛，侵襲性腹瀉多出現腹痛。常伴畏寒、發熱、乏力、頭暈等表現，病情嚴重者，因大量丟失水分引起脫水、電解質紊亂、甚至休克。病程為數天至1～2周，常為自限性，少數可復發。不同細菌所致腹瀉的臨床類型不同，現將常見類型分述如下：
1.腸出血性大腸埃希菌感染
往往急性起病，輕者水樣瀉，典型者突起劇烈腹痛、水樣便，數天后出現血性便，發生腹痛、腹瀉、低熱或不發熱。
2.耶爾森菌感染
嬰幼兒及兒童胃腸炎癥狀突出，成人以腸炎為主。起病急，以發熱、腹瀉、腹痛為主要表現，熱程多為2～3天，腹瀉一般1～2天，重者達1～2周，糞便多水樣，帶黏液，可有膿血便，腹痛常見，可局限在右下腹，并且伴肌緊張和反跳痛。
3.變形桿菌感染
在一定條件下可引起多種感染，如化膿性感染、尿路感染、胃腸炎、急性胃炎、心內膜炎、敗血癥等。主要表現為發熱、惡心、嘔吐、腹痛、腹瀉，腹痛部位在上腹和臍周，腹瀉輕者每日數次，重者20～30次。
4.抗生素相關性腹瀉
大多數表現為輕到中度水樣腹瀉、發熱、腹脹、下腹或全腹散在痙攣性疼痛。嚴重者也見黏液便，血便少見，嚴重的并發證有脫水、低蛋白血癥、電解質紊亂、腸麻痹和腸穿孔。
5.旅游者腹瀉
通常情況下該病起病較急（數小時至數天），約40%的旅游者腹瀉患者癥狀輕微，重者出現明顯腹瀉癥狀，伴有腹部絞痛、惡心、嘔吐以及發熱等癥狀。
6.AIDS相關性腹瀉
腹瀉常是AIDS的首發癥狀和死亡原因，患者常伴有發熱、周身不適、惡心、嘔吐、厭食和體重下降等癥狀。急性腹瀉的病程一般不超過兩周，慢性腹瀉通常持續數周或數月。