1.飲食因素
飲食可使糞便菌叢發生明顯改變。無纖維食物促進細菌易位。纖維能維持腸黏膜細胞的正常代謝和細胞動力學。食物纖維能減少細菌易位,但不能使屏障功能恢復至正常。
2.菌叢的變化因素
菌叢組成可因個體不同而存在差異,但對同一個人來說,在相當長的時期內菌叢組成十分穩定。每個菌種的生態學地位由宿主的生理狀態、細菌間的相互作用和環境的影響所確定。
3.藥物的代謝因素
腸道菌叢在許多藥物的代謝中起重要作用,包括乳果糖、水楊酸偶氮磺胺吡啶、左旋多巴等。任何抗生素都可導致腸道菌叢的改變,其取決于藥物的抗菌譜及其在腸腔內的濃度。氯林可霉素和氨芐青霉素等容易引起菌群失調,使耐藥的艱難梭菌大量繁殖而致病,導致抗生素相關性腹瀉（偽膜性腸炎）。應用甲氰咪胍等H2—受體拮抗劑可導致藥物性低胃酸和胃內細菌增殖。
4.年齡因素
隨著年齡的增高,腸道菌群的平衡可發生改變,雙歧桿菌減少,產氣莢膜桿菌增加,前者有可能減弱對免疫機能的刺激,后者導致毒素增加使免疫受到抑制。老年人如能維持年青時的腸道菌群平衡,也許能夠提高免疫能力。
5.胃腸道免疫功能障礙
胃腸道正常免疫功能來自黏膜固有層的漿細胞,漿細胞能產生大量的免疫球蛋白,即分泌型IgA,此為胃腸道防止細菌侵入的主要物質。一旦胃腸道黏膜合成單體或雙體IgA,或合成分泌片功能發生障礙,致使胃腸道分泌液中缺乏分型IgA,則可引起小腸內需氧菌與厭氧菌過度繁殖,從而造成菌群失調,引起慢性腹瀉。無癥狀的IgA缺乏者,小腸內菌群亦可過度繁殖。新生兒期菌群失調發生率較高,亦可能與免疫系統發育未成熟或不完善有關。