人類肺炎衣原體感染呈世界性流行，不分地域、不受種族和年齡限制。人類肺炎衣原體感染一年四季均可能發生，不呈季節性特征，其流行可呈散發性或爆發性傳播，尤其在空間相對封閉、人群聚集較多、空氣不太流通的公共場所。 [2]
一般認為肺炎衣原體感染與鳥類及其他動物無關，人類是Cpn唯一儲存宿主。其傳播源是患病者或無癥狀攜帶者的呼吸道分泌物和飛沫。另外肺炎衣原體在硬塑料表面能存活30h，在紙巾上能存活12h，在手上存活時間僅10～15min。健康者也可能通過接觸這些帶有病原體的物體而被感染。
雖然在人肺部感染Cpn的潛伏期約為10d，65d內即可誘導產生特異性T細胞免疫和B細胞免疫，從患者血清中可檢測到特異性抗體。這些感染性抗體可暫時地提供一定的機體免疫保護作用。但其免疫力不強，且維持時間短，多數情況下不能阻斷再度感染而呈反復發作的狀態。
健康人群可分離出Cpn，提示存在健康的帶菌者或隱性感染者。然而正是這些無癥狀的“健康”或“亞健康”的攜帶者在傳播Cpn上具有重要意義。