1、呼吸道癥狀 胸腹腔重復畸形除腹部癥狀以外，可同時出現呼吸道或縱隔受壓的癥狀。有時以表現胸腔癥狀為主，病兒出現呼吸困難、氣喘、發紺、縱隔移位。易被誤診為肺炎或縱隔腫瘤。
2、腸扭轉 由于重復腸管的重力作用及被拉長的腸系膜扭轉，可出現急性、完全性、絞窄性腸梗阻癥狀及體征。多發生于新生兒及嬰幼兒。發病急、癥狀重，嘔吐、腹痛劇烈。腹部常可觸及扭轉的包塊。
3、腸套疊 位于回腸遠端及回盲部的腸內囊腫型重復畸形易誘發腸套疊。有作者報道腸重復畸形中17例(26%)發生腸套疊，而1歲以下者15例，占88.2%，均具有急性腸套疊的典型臨床表現。重復畸形所致腸套疊無論行氣壓或水壓灌腸多不能使套頭部復位。偶爾經灌腸復位成功后，腹部仍有包塊，在B超下仍見囊性腫物。
4、腹膜炎 由于迷生的胃黏膜及胰腺組織對腸壁的腐蝕作用導致腸穿孔而致。有人報道穿孔部位均有異位胃黏膜，并已形成潰瘍，且穿孔位于潰瘍底部。臨床為急性腹膜炎的癥狀及體征，在乳幼兒體征可能不明顯，不易與急性闌尾炎穿孔區別。需耐心、仔細對比檢查。
