生物活性肽的分類可按保健功能來劃分。按照功能來分有生理活性肽、食品感官肽等多種 。以下是常見的幾種生物活性肽的簡介：
1.生理活性肽
抗菌肽
又稱抗微生物肽，廣泛分布于自然界，在原核生物和真核生物中都存在。如植物、微生物、昆蟲和脊椎動物在微生物感染時迅速合成而得，也可采用基因克隆技術生產，如乳鏈菌肽（Nisin）即具有很強殺菌作用。抗菌肽一般具有刺激巨噬細胞增長、提高免疫力和抗細菌侵襲的功能。
神經活性肽
神經活性肽包括類鴉片活性肽如腦啡肽， 以及其它神經活性肽如生長激素抑制劑、舒緩激肽和促甲狀腺釋放激素等， 能夠作為激素和神經遞質與體內的μ、δ、γ-受體相互作用，可起到鎮痛、調節呼吸及體溫等功能 [2] 。神經活性肽主要存在于牛乳、鮪魚、大豆及其它豆類等許多食品蛋白質的水解物中，能夠調節神經的信息傳遞。
免疫活性肽
免疫活性肽是繼從牛乳提取物中發現阿片樣肽后第2片肽類中內啡肽、腦啡肽、強啡肽等對免疫系統有重要的調節作用。免疫活性肽具有多方面的生理功能， 不僅能增強機體的免疫能力, 在動物體內起重要的免疫調節作用；而且還能刺激機體淋巴細胞的增殖和增強巨噬細胞的吞噬能力，提高機體對外界病原物質的抵抗能力 。
抗氧化肽
抗氧化肽不僅具有清除體內自由基的功能，而且對紫外線引起的線粒體的損傷和自由基誘導的脂質過氧化具有明顯的保護作用。此外，抗氧化肽的作用機理還包括給抗氧化酶提供氫、螯合金屬離子等。肌肽(Camo sine , β-A la-His)是存在于動物肌肉中的一種天然二肽，能抑制體外由鐵、血紅素、脂氧合酶和單線態氧催化的脂肪氧化，也能抑制蒸煮肉在冷藏時的氧化酸敗。
2.食品感官肽
呈味肽
呈味肽包括甜味肽、酸味肽、咸味肽和苦味肽等，這些肽類添加到食品中能夠明顯改變食品原有的口感。同時這些肽類如咸味肽, 由于可作為無鈉調味劑，能為糖尿病患者和高血壓患者所利用，所以可作為保健食品的基料。
表面活性肽
從酪蛋白、乳清蛋白、大豆蛋白和面筋蛋白水解物中獲得的多肽， 如一酪蛋白多肽段：α-S1-CN(1-23)、β-CN(193-209)和β-CN(1-25)，它們在食品中具有表面活性劑的作用 ，有很好的穩定性和乳化能力，從而改善了酪蛋白的功能性質。此外，對蛋白質進行適度水解，還可以提高其起泡性。
營養肽
針對營養不良或消化吸收有問題的病人，配方食品中的多肽或蛋白質水解物已經逐漸取代氨基酸作為氮源使用，并且已經證明二肽或三肽的消化吸收率較氨基酸高 。
它們具有廣泛的生理活性，如：免疫調節、預防高血壓、抗凝血和調節礦物質的吸收等， 因此乳制品中的肽成分既是營養品， 又是生理活性物質。