潛伏期7~23日，平均10~14日。其長短與感染菌量有關。典型傷寒的臨床表現分為下述四期。
1.初期：病程第1周。多數起病緩慢，發熱，體溫呈現階梯樣上升，5~7日高達39~40℃，發熱前可有畏寒，少有寒戰，出汗不多。常伴有全身不適、乏力、食欲缺乏、腹部不適等，病情逐漸加重。
2.極期：病程第2~3周。出現傷寒特有的癥狀和體征。①持續高熱，熱型主要為稽留熱，少數呈弛張熱或不規則熱，持續時間10~14天；②消化系統癥狀：食欲缺乏明顯，舌苔厚膩，腹部不適，腹脹，可有便秘或腹瀉，下腹有輕壓痛；③心血管系統癥狀：相對緩脈和重脈；④神經系統癥狀：可出現表情淡漠，反應遲鈍，聽力減退，重癥患者可有譫妄，昏迷或腦膜刺激征（虛性腦膜炎）；⑤肝脾大：多數患者有脾大，質軟有壓痛。部分有肝大，并發中毒性肝炎時，可出現肝功異常或黃疽；⑥玫瑰疹：于病程第6天胸腹部皮膚可見壓之退色的淡紅色斑丘疹，直徑2~4毫米，一般在10個以下，分批出現，2~4日消退。
3.緩解期：病程第3~4周，體溫逐漸下降，癥狀漸減輕，食欲好轉，腹脹消失，肝脾回縮。本期可出現腸穿孔、腸出血等并發癥。
4.恢復期：病程第5周，體溫正常，癥狀消失，食欲恢復，一般在1個月左右完全康復，但體弱或原有慢性疾病者病程往往延長。
并發癥
1.腸出血：為最常見的嚴重并發癥，多見于發病后2~3周，發生率2%~15%，常以飲食不當，腹瀉為誘因。
2.腸穿孔：發生率2%~4%，為最嚴重的并發癥，多發于發病后2~3周，常發生于回腸末端，多為一個。穿孔前常先表現為腹痛或腹瀉、腸出血。穿孔時突發右下腹劇痛，伴惡心、嘔吐、冷汗、呼吸急促、脈搏加速、提問與血壓下降。繼而出現明顯腹脹腹部壓痛、反跳痛、腹肌緊張等。
3.中毒性肝炎：發生率20%~60%，常見于發病后1~2周。
4.中毒性心肌炎：常見于發病后2~3周伴有嚴重毒血癥的患者。