純凈水設備能否長久正常運行最重要的是維護，設備維護的細心，設備就得心應手。所以，在純凈水設備的運行時應該注意不要損壞機器。在純凈水設備的操作中應該注意
1.防止濾料進入反滲透裝置：選擇合適的過濾器出水裝置，防止過濾器漏砂漏活性炭；選擇合適的活性炭，防止使用過程中脫粉。
2.以自來水為水源的大型純凈水設備最好設立獨立的供水系統，這樣既可以保證供水系統的穩定運行，又可以減少RO系統啟停時對全廠供水管網造成的瞬間沖擊。當RO裝置直接從原水管網上取水時，應設置高低壓保護設施，因為大多數自來水管網壓力波動較大。
3.首先應考慮藥劑與藥劑之間的兼容性，其次應考慮藥劑與膜材料的兼容性。例如，RO系統中經常同時使用混凝劑，助凝劑，殺菌劑，還原劑和阻垢劑。由于天然水中的膠體一般帶負電荷，所以通常使用帶正電荷的陽離子型混凝劑。為了防止R0裝置結垢，RO的進水端幾乎都考慮了投加阻垢劑的措施，這些阻垢劑幾乎都是帶有負電荷的。因此，應避免陽離子型混凝劑與陰離子型的阻垢劑發生反應，防止反應生成的膠體化合物在膜面沉積。