3）pH值 一般在被提取蛋白質的等電點的兩側，堿性蛋白用稀酸提取、酸性蛋白用稀堿提取。在某些情況下，為了破壞所分離的蛋白質與其他雜質的靜電結合，選擇偏酸（pH3-6）或偏堿（pH10-11），可以使離子鍵破壞而獲得單一的蛋白成分。
4）溫度 提取時通常要求低溫操作。只有對某些耐高溫的蛋白質或酶（如胃蛋白酶、酵母醇脫氫酶及某些多肽激素。
5）提取時常緩慢攪拌，以提高提取效率
6）有時為了破壞蛋白質與其它物質的離子鍵或氫鍵的結合，加入少量的多價陰離子也有助于蛋白提純。
2． 有機溶劑提取
一般和脂質結合比較牢靠或分子中非極性側鏈較多的蛋白質和酶，難溶于水、稀酸、稀鹽和稀堿，常用有機溶劑提取。他們同時有親脂性和親水性，如丙酮、異丙醇、乙醇、正丁醇等。其中正丁醇應用的較為廣泛，能在水和脂分子間起著類似去污劑的橋梁作用，由于丁醇與蛋白質極性基團結合的競爭力比脂質大，所以可取代蛋白質與脂質的結合位置，使原來蛋白質在水中溶解度大大增加。
有些蛋白和酶即能溶于稀酸、稀堿，又能溶于一定比例的有機溶劑。在這樣的情況下，采用稀的有機溶劑提取可防止水解酶的破壞，并兼容除雜和提高提取效果的作用，現舉例說明：
胰島素可溶于稀酸、稀堿和稀醇溶液，針對組織中共存的糜蛋白酶對胰島素有極高的水解活性，可采用68%酒精溶液并用草酸調至pH2.5-3.0,這樣便能在三方面抑制了糜蛋白酶的活性：
1）68%酒精可以使糜蛋白酶暫時失活；
2）草酸可以除去激活糜蛋白酶的金屬離子鈣；
3）pH2.5-3.0是糜蛋白酶不適于作用的PH值。
而以上條件對胰島素的溶解度和穩定性并沒有影響，并可以除去一部分在稀酸及稀醇中不溶解的雜蛋白
垂體前葉ACTH常采用酸性70%丙酮，其設計原理是酸性可以促使ACTH的溶解，而70%濃度丙酮對ACTH的溶解度沒有影響，卻大幅度地降低其他雜蛋白的溶出，對提高分離純化的效果極為明顯。
3． 從細胞膜上提取水溶性的蛋白質和酶方法：
膜上的蛋白質或酶一般有兩種存在方式：一種在膜表面上，與膜成分結合較松，經過充分粉碎細胞，在一定PH范圍用稀鹽溶液即可提取分離；一種是膜的內在成分之一，或與膜結合十分緊密，提取十分困難，需用超聲波、去污劑、或其他比較強烈的化學處理，一般常用方法有如下幾種：
1）濃鹽或尿素等溶液提取 如NaClO4、尿素、鹽酸胍等。當以上溶液濃度達到2M時，可抽去27%以上的膜蛋白，但這樣的條件易引起蛋白質和酶的變性。
2）堿溶液提取 在pH8-11范圍內，某些膜蛋白隨著PH值的提高而溶解度大大增加，但堿提取法也容易引起蛋白酶和酶的失活，應用上不廣。
3）加入金屬螯合劑 蛋白質通過金屬離子與膜成分結合時，加入金屬螯合劑如EDTA可使蛋白質釋放出來。
4）有機溶劑提取 使用乙醇、吡啶、叔戊醇、正丁醇是抽提膜上結合或內在脂蛋白最常用也最為有效的方法。如正丁醇可在廣泛的PH值（3-10）溫度范圍內（-2- +40）內使用。
5)去垢劑處理
用去垢劑分離膜蛋白時，要考慮兩點要素，去垢劑的溶解能力和去垢劑的溫和性。強陰離子去垢劑，如SDS，一般具有很好的溶解性能，但溫和性不夠理想，容易引起蛋白質變性；弱離子型或非離子型去垢劑對蛋白變性影響較小，但溶解能力較差。根據報道，Triton
100用于提取ADP/ATP載體蛋白時，由于作用較為溫和，故所得蛋白活性要高于使用其他去污劑。去垢劑的溶解能力與溶液的離子強度有關，一般說兩者呈現正比關系。