特定的MHC分子可憑借所需要的共用基序選擇性地結合抗原肽，在這個意義上，兩者的結合具有一定的專一性。由此推知，不同的MHC等位基因產物有可能提呈同一抗原分子的不同表位，造成不同個體（帶有相互有別的MHC等位基因）對同一抗原應答強度的差異。這實際上是MHC以其多態性參與和調控免疫應答的一種重要機制。
深入研究發現，MHC分子對抗原肽的識別并非呈現嚴格的一對一關系，而是一種類型的MHC分子可以識別一群帶有特定共同基序的肽段，由此構成MHC分子與抗原肽相互作用的包容性（flexibility）。這一包容性可表現在不同層次：首先，共同基序中以 ‘x’ 表示的氨基酸，其順序和結構可以改變；其次，同一MHC分子（特別是Ⅱ類分子）所要求被提成肽段的錨定殘基往往不止一種氨基酸，結果是，符合某一共同基序的肽段數量可以相當地多，造成一種MHC分子有可能結合多種抗原肽，活化多個抗原特異T細胞克隆；最后，不同MHC分子接納的抗原肽，也可以擁有相同的共用基序。例如，在HLAⅠ類分子中至少已經確認了A2、A3、B4、B44四個家族，這些家族中的成員可選擇性地共同識別擁有相同或相似錨定殘基的抗原肽。這意味著，能夠被某一HLA分子識別和提呈的抗原肽，也可被該家族其他分子所提呈。這一點，對應用肽疫苗或T細胞疫苗進行免疫預防和免疫治療提供了便利。