起始材料的有效破碎和勻漿對于所有總RNA分離操作來說都是必須的要求。破碎和勻漿是兩個獨立分開的步驟。
破碎：對于組織結構、細胞壁和細胞質膜的徹底破碎對于釋放樣本中所有的RNA是絕對必要的。不同樣本需要使用不同的方法以達到徹底的破碎效果。不完全的破碎會導致RNA得率的顯著降低。
勻漿：勻漿對于減少破碎后細胞裂解產物的粘性是十分必要的。勻漿能夠切斷高分子量的基因組DNA及其他高分子量的細胞組分，得到均勻的裂解產物。勻漿不夠徹底會導致RNA結合效率的下降而顯著降低得率。
某些破碎方法能夠同時對樣本起到勻漿作用，而其他方法還是需要專門的勻漿步驟。表針對不同樣本進行破碎和勻漿的準則全面概述了適用于多種起始材料的不同破碎和勻漿方法。當您針對所使用的起始材料選擇合適的操作方法時，該表格可用來作為參考。下面也將針對破碎和勻漿方法進行更為詳細的論述。
使用玻珠研磨機進行破碎和勻漿
在使用玻珠研磨機破碎樣本的過程中，樣本與珠子被一起進行高速攪拌。通過珠子與細胞碰撞時的流體動力切割和破碎作用，同步完成破碎和勻漿過程。破碎效率的影響因素有：
珠子的大小和組成
緩沖液與珠子的比例
起始樣本的數量
攪拌速度和設定
處理時間
細菌破碎時所使用的理想珠型為0.1毫米（平均直徑）的玻璃珠，用于酵母和單細胞動物細胞時為0.5毫米的玻璃珠，對動植物組織則應使用3–7毫米的不銹鋼珠。請確保玻璃珠經過濃硝酸的預先潤洗。或者可直接購買和使用市售的經酸洗滌過的玻璃珠。關于破碎的其他參數需要依據每一應用的經驗進行設定。植物材料以及相關的珠子和破碎管可先在液氮中預冷，破碎應在無裂解緩沖液的條件下進行。對于動物組織則應使用干燥的冷凍粉碎。冷凍粉碎（無論是在玻珠研磨機中還是使用研缽和杵）不同于緩沖液裂解，不會對樣本同時起到勻漿作用。
使用轉子——定子勻漿器進行破碎和勻漿
在裂解緩沖液的存在下，轉子–定子勻漿機可同時完成對動物組織的徹底破碎和勻漿，所需時間基于樣本的堅韌程度，可在5–90秒內完成。轉子–定子勻漿機也可以用于細胞裂解產物的勻漿。轉子的超高速旋轉能夠以擾動和機械剪切的綜合方式，完成對樣本的破碎和勻漿。使用適當大小的管子，在勻漿過程中始終保證勻漿器頭部一直處于浸沒狀態，并持續將勻漿器頭部伸入管子末端，以確保勻漿過程中樣本內的泡沫達到最少。轉子–定子勻漿機有不同大小型號可供選擇，并可裝配不同大小的探頭。5 mm和7 mm的探頭適合在300 μl以下的體積內使用，并可用于離心管內的勻漿。10 mm及以上尺寸的探頭則適用于更大的管子。
使用研缽和杵破碎
使用研缽和杵破碎時，先將樣本進行迅速的液氮冷凍，并在液氮中將其研磨為細粉。將上清液（組織粉末和液氮）轉移至液氮預冷的適當大小的管中，使液氮揮發但不要讓樣品融解。加入裂解緩沖液，并盡可能快地進行后續步驟。
注：使用研缽和杵研磨樣品會破碎樣品，但無法達到勻漿的目的。勻漿作用需與此步驟分開進行。
使用注射器和針頭完成勻漿
細胞和組織的裂解產物可以使用注射器和針頭進行勻漿。可以使用20號（0.9 mm）針頭連接一個滅菌塑料注射器，通過至少5–10次的吹打切斷高分子量的DNA，直至裂解產物的勻漿形成。為操作便利和減少樣品損失，也可能需要增加裂解緩沖液的體積。
| 針對不同樣本進行破碎和勻漿的準則 |
| 起始材料破碎方法勻漿方法評論培養的動物細胞加入裂解緩沖液使用轉子–定子勻漿機或注射器和針頭獲取胞質RNA如果處理少于1x105個細胞，可以使用渦動勻漿裂解產物。不提供勻漿方案。動物組織轉子–定子勻漿機轉子–定子勻漿機同步進行破碎和勻漿動物組織研缽和杵注射器和針頭使用轉子–定子勻漿機和玻珠研磨機通常比使用研缽和杵的得率更高。動物組織玻珠研磨機玻珠研磨機細菌加入裂解緩沖液進行酶（溶菌酶）解渦旋機如果處理大于5x108個細胞，使用注射器和針頭進行勻漿可能會增加得率。細菌玻珠研磨機玻珠研磨機玻珠研磨機可同時完成破碎和勻漿；不能使用渦動操作代替玻珠研磨機。酵母酶解（溶菌酶/消解酶）細胞壁后加入裂解緩沖液，以消化原生質球。渦旋機酵母玻珠研磨機玻珠研磨機玻珠研磨機可同時完成破碎和勻漿；不能使用渦動操作代替玻珠研磨機。植物和絲狀真菌研缽和杵注射器和針頭研缽和杵不能代替轉子–定子勻漿機。 |