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  • 發布時間:2019-09-12 10:33 原文鏈接: 低熔點瓊脂糖凝膠中DNA的回收(有機溶劑抽提)

               

    實驗方法原理 羥乙基修飾的瓊脂糖可降低鏈間的氫鍵數目,并可在比標準瓊脂糖更低的溫度下熔化和凝固。多糖鏈上這種替換發生的程度決定了瓊脂糖熔化與凝結的確切溫度。這 一特性構成了從凝膠中回收及操作 DNA 的基礎(Wielander 1979; Parker and Seed, 1980)。
    實驗材料

    DNA 樣品

    試劑、試劑盒

    乙酸銨 氯仿 乙醇 溴化乙錠或 SYBR Gold 染色液 載樣緩沖液 LMT 洗脫緩沖液 Tris-HCl EDTA 酚 氯仿 平衡飽和酚 TAE 電泳緩沖液 TE

    儀器、耗材

    低熔點瓊脂糖制備凝膠 Sorvall SS-3 或等同轉子 紫外燈 水浴

    實驗步驟

    一、材料

    1. 緩沖液和溶液

    乙酸銨(10 mol/L)

    氯仿

    乙醇

    溴化乙錠或 SYBR Gold 染色液

    6X 載樣緩沖液

    LMT 洗脫緩沖液(20 mmol/L Tris-HCl (pH 8.0),1 mmol/L EDTA (pH 8,0))

    酚: 氯仿(1:1,V/V)

    平衡飽和酚(pH 8.0)

    1X TAE 電泳緩沖液

    TE ( pH 8.0)

    2. 凝膠

    低熔點瓊脂糖制備凝膠
     
    3. 核酸和寡核苷酸

    DNA 樣品

    4. 離心機及轉子

    Sorvall SS-3 或等同轉子

    5. 專用設備

    手提式長波段(302 nm ) 紫外燈

    預設溫度 65℃ 的水浴

    二、方法

    1. 用 1X TAE 電泳緩沖液灌制一塊含有適當濃度的低熔點瓊脂糖凝膠。

    所以選擇 TAE 而非 TBE 有幾個理由。主要是 TBE 中的硼酸鹽離子能抑制連接反應,并能干擾從玻璃珠上洗脫下來的 DNA 片段的純化。

    2. 待凝膠冷卻至室溫后,將凝膠連同支撐用的玻璃板一起移至膠盒的水平表面上。

    凝膠也可以放在冷室以保證凝膠充分凝固。

    3. 將 DNA 樣品與載樣緩沖液混合,注入到加樣孔中,以 3~6 V/cm 的電壓進行電泳。

    特定分子質量大小的 DNA 在低熔點瓊脂糖凝膠中的泳動速度快于常規瓊脂糖凝膠。正因為如此,低熔點瓊脂糖所加電壓應低于常規瓊脂糖凝膠。

    4. 如需要,用溴化乙錠或 SYBR Gold 染色液進行染色。用手提式長波(302 nm)紫外燈確定所需條帶的確切位置。

    5. 用一鋒利的刀片或剃刀切下含目的條帶的瓊脂糖凝膠切片,轉移至一個干凈的一次性使用的塑料管里。

    盡量使切出的瓊脂糖切片體積最小,以減少抑制劑對 DNA 的污染量。

    6. 切下條帶后,進行拍照,從而獲得切出條帶的記錄。

    7. 加約 5 倍體積的 LMT 洗脫緩沖液至瓊脂糖切片中。蓋好管蓋,于 65℃ 溫育 5 min 熔化凝膠。

    8. 待凝膠冷卻至室溫后,加等體積的平衡酚,將混合液混旋 20 s。在 20℃ 以 4000 g ( Sorvail SS-34 轉子 5800 r/min ) 離心 10 min, 回收水相。

    9. 再用等體積的酚: 氯仿、氯仿各抽提1次。

    10. 水相轉移至另一新的離心管中。加 0.2 倍體積的 10 mol/L 乙酸銨和 2 倍體積 4℃ 的無水乙醇。混合液在室溫下放置 10 min。然后 4℃,5000 g ( Sorvall SS-34 轉子相當于 6500 r/min) 離心 20 min, 沉淀回收 DNA。

    11. 用 70% 乙醇清洗沉淀,并溶于適當體積的 TE ( pH 8.0)中。

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