高效液相色譜分析法(HPLC)，它的基本概念及理論基礎(如保留值、塔板理論、速率理論、容量因子、分離度等)，與氣相色譜是一致的，但又有不同之處：高效液相色譜與氣相色譜的主要區別可歸結為以下幾點。
(1)進樣方式的不同，高效液相色譜只要將樣品制成溶液，而氣相色譜需加熱l氣化或裂解。
(2)流動相的不同，在被測組分與流動相之間、流動相與固定相之間都存在著一一定的相互作用力。
(3)由于液體的黏度較氣體大兩個數量級，使被測組分在液體流動相中的擴散l系數比在氣體流動相中小4～5個數量級。
(4)由于流動相的化學成分可進行廣泛選擇，并可配置成二元或多元體系，滿足梯度洗脫的需要，因而提高了高效液相色譜的分辨率(柱效能)。
(5)高效液相色譜采用5～10 Lm細顆粒固定相，使流動相在色譜柱上滲透性大大縮小，流動阻力增大，必須借助高壓泵輸送流動相。
(6)高效液相色譜是在液相中進行，對被測組分的檢測，通常采用靈敏的濕法光度檢測器，例如，紫外光度檢測器、示差折光檢測器、熒光光度檢測器等。
(7)液相色譜與氣相色譜相比較，高效液相色譜同樣具有高靈敏度、高效能和l高速度的特點。
高效液相色譜的定性和定量分析，與氣相色譜分析相似，在定性分析中，采用保留值定性或與其他定性能力強的儀器分析法連用；在定量分析中，采用測量峰面積的歸一化法、內標法或外標法等，但高效液相色譜在分離復雜組分式樣時，有些組分常不能出峰，因此歸一化法定量受到限制，而內標法定量則被廣泛使用。
氣相色譜不能由色譜圖直接給出未知物的定性結果，而必須由已知標準作對照定性。當無純物質對照時，定性鑒定就很困難，這時需借助質譜、紅外和化學法等配合。另外大多數金屬鹽類和熱穩定性差的物質還不能分析。此缺點可由高效液相色譜法來克服。在經典液相色譜的基礎上，引入了氣相色譜的理論與技術，在20世紀70年代初建立了高效液相色譜分析法(以HPLC表示)。在常壓下操作的液相色譜，分離一個樣品往往長達幾個小時至幾十個小時，因此工作效率很低。人們曾對這種經典液相色譜法試用了柱前加壓或柱后減壓的辦法來提高流速，以縮短分離的時間，但是結果失敗了。根據液相色譜理論，因為隨著載液(流動相)流速的提高，板高則增大，所以柱效會顯著降低。隨著生產技術的提高，人們制成了細小(小于10um)而高效的填充物，從而使柱效大大提高。但是隨著填充物粒度的減小，柱壓降顯著增大，為了得到合理的載液流速，使用了高壓輸液泵，使流速達到l～10 mL／min。從而使分析一個多組分樣品只需幾分鐘到幾十分鐘時間。隨著高效固定相、高壓泵和高靈敏度檢測器以及電子技術和計算機技術的應用，20世紀70年代以后逐步實現了液相色譜分析的高效、高速、高靈敏和自動化操作。因此人們常稱它為高效液相色譜或現代液相色譜，以區別于經典液相色譜。高效液相色譜法的分類與經典液相色譜法一致。按固定相的聚集狀態不同分為液固色譜法和液液色譜法。按分離原理不同分為吸附色譜、分配色譜、離子交換色譜和凝膠色譜法四類。