儀器特點:
?自動化 12- 或96-平行通道
?高靈敏度 高分辨率
?更準確地片段長度分析
?更準確地smear定量結果,獨特的專門應用
–Genomic DNA 基因組DNA
–Large fragment separation and plasmids 大片段分離及質粒
?快速對齊并快速計算片段長度
?可用flagging功能輕松篩選電泳圖或數碼膠圖
?圖像可Copy/paste成電子文檔或打印
?報告可輸出成.xls或.pdf格式
1.應用背景
NGS(Next Generation Sequencing),隨著新一代測序的通量和費用不斷改善,樣品制備和檢測成為整個NGS流程中亟待改善的一環。快速準確地將基因組DNA進行片段化是NGS新一代測序技術中尤為關鍵的步驟。測序文庫中DNA片段的質量好壞則是關系測序質量高低的決定性因素,能否快速剪切并測量酶切產物質量是整個測序文庫構建過程的流程瓶頸。Fragment AnalyzerTM全自動NGS片段分析系統結合相應NGS片段分析定性定量試劑盒的推出,大大減少手工操作時間,高通量、快速、精確對NGS文庫進行質量的檢測。
2.Fragment Analyzer系統與傳統NGS片段檢測技術分析時間的比較
Fragment Analyzer實驗流程 VS 傳統芯片檢測實驗流程
n 配制膠液/染料并于常溫保存 n 向96孔板中依次加入2ul ladder,待測樣品,再向其中加入DM buffer n 將96孔板放入儀器 n 啟動儀器,開始檢測 n 分析結果 n 輸出結果 | n 配制膠液/染料并于4℃避光保存 n 將膠液置于常溫30min n 取出芯片 n 將芯片孔中加入9ul膠液 n 安裝芯片底座,等待60s整 n 繼續等5s n 取下芯片 n 再向芯片中加入9ul膠液 n 向每個樣品孔中加入5ul marker n 向一個孔中加入1ul ladder n 向每個孔板中加入1ul待測樣品 n 將芯片至于渦旋振蕩器上 n 振蕩60s n 將芯片放入儀器(在5min內完成) n 啟動儀器(預試時間10min;60-90s/每個樣品) n 分析結果 n 輸出結果 |
3.NGS選用Fragment Analyzer的理由
. 高通量:每天可完成1500個樣品的檢測
. 全自動:無需芯片和手動灌膠
. 精確度高:可檢測zei低濃度為5pg/μl
. 運行時間短:可在45min或55min內完成12或96個樣品的分離
. 檢測靈敏度高:僅需要2 μl樣品即可準確定量
. 無樣品間交叉污染:每次試驗后更換毛細管中的分離膠,避免污染
. 強大的數據分析軟件:PRO Size 2.0軟件可自動完成片段彌散分析、并輸出片段大小分布和濃度數據。
. 適用于各類NGS儀器平臺:可分析15000bp大片段
. 適用于NGS多個環節的檢測:包括基因組DNA的質量分析、NGS片段文庫的分析、接頭連接檢測以及文庫豐富度分析
-分離分辨率–As low as 2bp, routinely 5bp resolution over wide DNA range
-靈敏度–Detect down to 5pg/ml (10:1 S:N),20 times more sensitive than other dsDNA
detection instruments
-高通量
–Separate 576 samples (6 plates) – 8 hour operation with 60 minutes run times
–Separate 960 samples (10 plates) – 8 hour operation with 30 minutes run times
–Robotic interface capable
?操作成本低
?多個不同的凝膠試劑盒
–10 – 500 bp
–20 – 2,000 bp
–500 – 40,000 bp
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