JAMA：兩家基因檢測公司做的液體活檢，結果竟不相同

　　如今，癌癥的精準醫療已經不是什么神秘又高冷的名詞了，在消費級基因檢測的推廣和各種科普下，不知道點什么“液體活檢”“基因測序”“循環腫瘤DNA（ctDNA）”之類的名詞可真是有點落伍了。

　　在科研領域飛速發展的同時，臨床醫生們也與時俱進，抽血做個基于ctDNA的液體活檢，一方面可以又快又準確地幫助醫生進行早期診斷，另一方面，對于已經確診了的患者，還可以制定個性化的治療方案，隔一段時間檢測一次又可以動態地監測腫瘤的發展情況，及時對治療方案做出調整。相比于傳統的組織活檢，通過外周血液的液體活檢可以避過腫瘤異質性、穿刺導致癌細胞轉移等諸多問題。

　　可是，在當下液體活檢風頭正盛的時候，約翰霍普金斯大學醫學院的兩位研究人員卻在《JAMA Oncology》雜志上發表研究指出，不同機構進行的檢測得到的結果差異非常大，兩家權威機構同時檢測的40名患者樣本中，除去6例檢測結果被認為無效的外，其余34例中測序結果完全一致的只有12例！

來自約翰霍普金斯大學醫學院的兩位研究人員，Gonzalo Torga（左）和Kenneth J. Pienta（右）

　　需要注意的是，兩家機構檢測的基因和位點都有一些差異，因此研究人員只比較了兩家公司的檢測中共有的、重合的位點。基于這一結果，他們認為這一結果值得科學家們深思，究竟該怎樣改善現有的方法才能更好地幫助到患者。

　　在這次的研究中，“接受考驗”的兩家機構分別是Guardant Health和Personal Genome Diagnostics，兩家的檢測產品會分別對患者血液樣本中的73個基因和64個基因的部分編碼序列進行測序。

綠：兩家檢測都發現的重合的突變位點，灰：沒有檢測到突變的位點，紅：兩家重合的檢測位點中只被其中一家檢測到的，藍：其中一家特有的檢測位點被檢測到突變的；P代表Personal Genome Diagnostics，G代表Guardant Health

　　Personal Genome Diagnostics的創始人是約翰霍普金斯大學Kimmel癌癥中心的腫瘤學教授Luis Diaz，在癌癥領域有超過25年的研究經驗[2]，在2010年成立了Personal Genome Diagnostics。而Guardant Health可能更加為業內人士所熟悉，在成立的4年中，他們共獲得了5.5億美元的投資，還在2014年被達沃斯評為了“24家正在改變未來的公司”之一[3]。

　　研究人員招募了40名患轉移性前列腺癌的患者，抽取了血樣后，分成兩份分別送到兩家的實驗室進行測序。在這40例樣本中有6例因為某些原因檢測結果被認定無效，剩下的34例中，有12例（35%）檢測報告給出的結果相同，其中有3例突變譜完全一致，其余9例均沒有檢測到突變。剩下的22名患者就沒這么“好的運氣”了，他們中有6例檢測到的突變有重合，但是又不完全相同，還有16例檢測到的突變完全不重合。

40名患者的檢測結果，16例（紅）為兩家檢測到的突變完全不重合，6例（橙）為部分重合但不完全相同，3例（綠）為突變譜完全重合，9例（灰）為經兩家檢測均沒有發現突變，6例（藍）為檢測結果無效

　　這個結果讓研究人員非常驚訝，兩家公司都是業內頂尖的，他們的實驗室也都獲得了臨床檢驗改進修正計劃（Clinical Laboratory Improvement Amendments，CLIA）的認證，CLIA認證意味著實驗室中臨床試驗結果的準確性、可靠性和時效性都得到了FDA和CDC等的認可，并且他們也都擁有美國病理學會的CAP（College of American Pathologists）認證，“兩證俱全”。

　　研究人員的本意也是希望為患者提供最好的選擇，所以才找了兩家公司提交樣本，進行比較，但是這個結果讓他們也很意外。這也和今年早些時候同樣發表在《JAMA Oncology》上的另一篇文章“不謀而合”。

　　這項研究由華盛頓大學醫學院的研究人員領導，他們招募了9名癌癥患者（5名為乳腺癌，其余4名分別為胰腺癌、胸腺癌、肺癌和唾液腺癌），同樣選擇了兩家液體活檢公司對患者的血液樣本進行了檢測。其中一家是和這次一樣的Guardant Health，另一家是Foundation Medicine，同樣也是大名鼎鼎，曾為喬布斯老爺子進行過測序，創始人是人類基因組計劃的領導者之一，他們的檢測會包括315個癌癥相關基因的外顯子以及28個重排基因的內含子。

　　然而，2份測序結果也有不小的差異。其中胸腺癌患者在兩家都沒有檢測到突變，剩下的8名患者中共檢測到了45個突變，其中只有10個（22%）是重合的，而且8名患者中有2名檢測到的突變完全不同。

　　這是不是說明這些檢測“不靠譜”呢？但是和新研究同期刊發的另一篇文章似乎又給予了否定的回答。在研究中，研究人員使用FDA批準的伴隨診斷（FDA-CD）和實驗室自主開發的檢測（LDT）分別對6897例樣本的BRAF、EGFR和KRAS基因的突變情況進行了檢測[6]。前面我們提到的幾家公司的測試就屬于LDT的范疇。與需要FDA進行認證，可以商用的FDA-CD相比，LDT是由各實驗室自己進行研發和驗證的，技術和檢測只能在自己的實驗室內使用，不需要FDA認證。

　　不過在這個研究中，研究人員發現，FDA-CD和LDT的檢測結果重合度是非常高的，按照美國病理學會的實驗室能力比對驗證（Proficiency Testing，PT）給出的結果，兩種檢測都有超過97%的準確率。基于這個結果，研究人員認為FDA所希望的，加強對LDT的檢測和監管可能是不必要的。LDT與FDA-CD的檢測結果幾乎完全相同，那么似乎說明，LDT在檢測樣本上的能力已經很合格了，但是前面兩個研究中，兩家LDT的結果偏差如此之大，與這個研究得到的結果一定程度上是相悖的。

　　在同期雜志中，密歇根大學綜合癌癥中心的Daniel F. Hayes博士還為此撰寫了一篇評論文章[7]，他認為后者的研究只涉及到了3個在癌癥患者中極其常見的突變基因，這個結論不能推及到更多的基因和檢測上。

Daniel F. Hayes博士

　　回顧了兩個結論相悖的新研究后，Hayes博士提出了問題：究竟哪個是“事實”？沒有人知道答案。他認為約翰霍普金斯大學醫學院兩位研究人員的研究成果應該得到特別重視，因為“一次糟糕的腫瘤標志物檢測帶來的后果和糟糕的藥物一樣”，而現在患者所用的檢測多是LDT，如果檢測結果的準確性不能得到保證的話，那對于患者來說是非常可怕的一件事情。

　　Hayes博士表示，開發LDT的公司和實驗室不能抱有“一經售出，概不負責”的態度，他將聯合其他研究人員，呼吁技術的研發者去驗證、改善這些被廣泛用于患者的檢測方法。