病情進展較緩慢，自然病程18～36個月。若無并發癥，單純放血治療，中位生存期8～15年。Cervantes等報道，預計10年生存率68.7%(48.1%～89.3%)。引起死亡的主要原因是血栓形成、出血、骨髓纖維化及白血病。5%～15%患者在診斷成立后5～13年發生髓樣化生和骨髓纖維化。Barrtle等根據骨髓活檢資料提出，巨核細胞增多型容易發展為骨髓纖維化。本病轉變為白血病的幾率與治療方法有一定關系。許多資料顯示，使用任何1種骨髓抑制劑治療后，發生急性白血病的危險性均增加，且隨著2種或更多種藥物的聯用，危險性更大。故應慎重選擇。