根據樣品分離目的不同,主要有三種處理方法:還原SDS處理、非還原SDS處理、帶有烷基化作用的還原SDS處理。
1)還原SDS處理:在上樣buffer中加入SDS和DTT(或Beta巰基乙醇)后,蛋白質構象被解離,電荷被中和,形成SDS與蛋白相結合的分子,在電泳中,只根據分子量來分離。一般電泳均按這種方式處理,樣品稀釋適當濃度,加入上樣Buffer,離心,沸水煮5min,再離心加樣。
2)帶有烷基化作用的還原SDS處理:碘乙酸胺的烷基化作用可以很好的并經久牢固的保護SH基團,得到較窄的譜帶;另碘乙酸胺可捕集過量的DTT,而防止銀染時的紋理現象。100ul樣品緩沖液中10ul 20%的碘乙酸胺,并在室溫保溫30min。
3)非還原SDS處理:生理體液、血清、尿素等樣品,一般只用1%SDS沸水中煮3min,未加還原劑,因而蛋白折疊未被破壞,不可作為測定分子量來使用。