單細胞生信分析，新的高分熱點

　　關于單細胞測序（Single cell sequencing，ScRNA-seq），相信大家或多或少都聽過，粗略的說，這幾點是出現頻率比較高的關鍵詞：“很火”、“高端，是發大文章的利器”、“價格貴”。不過，大家如果留意最近單細胞測序相關的文章進展，就會發現這樣的一個問題：現在只做單細胞測序，已經越來越難發高分（IF 10+）的期刊了。據我們不完全統計，基本上每個常見疾病國內都至少有3個以上的團隊在開展研究，甚至文章已經在審稿狀態了。以腫瘤為例，幾乎所有的大癌種（肝癌、肺癌、腸癌、乳腺癌等等）已經有至少一篇主刊或者大子刊發表了。當然，研究一個疾病的角度可以有很多，即使是相同的實驗設計，也可以有不同的發現，而這些發現也需要進一步的驗證。換句話說，在不拼樣本量的情況下（對科研經費的消耗實在太大了），單細胞測序技術早已經進入另一個階段：在單細胞測序的基礎上展開嚴謹深入的后續實驗對發現進行驗證。

　　在這一階段，有個至關重要的實際問題：如何結合科學問題從浩如煙海的單細胞測序數據中抽絲剝繭找到關鍵發現？實際上，高通量測序技術的發展一方面為生物學家提供了新的工具，另一方面也提出了新的挑戰：如何對高通量測序數據進行課題個性化的解讀、挖掘和判斷。一般來說，科研服務公司的測序報告是流程化且固定的，而每個課題所研究的科學問題則是不同的，那么這種矛盾是如何解決的呢？對于課題組來說，可以招生物信息學專業的博后來解決；另外一種常見的做法是向科研服務公司提交個性化分析；最后一種是與生信課題組合作。三個解決辦法中，第一種是最理想，門檻也是最高的，不是所有人都有條件招專業的生信博后；第二種是門檻最低的，問題是時間（排隊？）、效率以及最重要的思路，從某種意義上說，個性化是科研的核心，也是公司盈利的大坑；第三種的特點很清晰：蛋糕如何分配。

　　舉個簡單的例子：如果你對某個臨床問題（如A疾病的發生）感興趣，現在你已經拿到了單疾病組和對照組樣本的單細胞測序結果，可能需要解決的基本問題有：

　　單細胞測序的質量如何？

　　對于具體的研究來說，分析成多少cluster是合適的？

　　如何將cluster鑒定到細胞類型（celltype）?

　　某一細胞類型（cell type）的不同cluster關系是怎樣的？

　　如何確定與科學問題相關的細胞類型及cluster？

　　如何將相關的細胞類型及cluster的功能特性與科學問題聯系起來？

　　如何設計下游實驗對科學問題相關的細胞類型及cluster進行驗證？

　　等等。