空間轉錄組測序技術在腫瘤研究進展的應用
空間轉錄組測序技術是一種基于組織空間結構進行高通量轉錄組測序的技術。通過該技術，可以得到組織空間位置的基因表達圖譜。因此，空間轉錄組技術是現階段可實現空間二維基因表達檢測的高通量技術。該技術為基于空間的發育研究和疾病異質性問題提供了一個解決方案。 空間轉錄組測序運用方向（Trends Biotechnol.2020； S0167-7799(20)30140-2.） 在各類疾病研究領域，腫瘤研究是空間轉錄組測序技術運用最早的方向。據不完全統計，目前在前列腺癌[1]，黑色素瘤[2]，乳腺癌[3]，胰腺導管癌[4]，皮膚鱗狀癌[5]領域有文獻發表。這些研究從實驗設計到數據分析，為我們提供了非常好的學習素材。特別是2020年1月份發表的胰腺導管癌研究和2020年6月份發表的皮膚鱗狀癌研究，是非常值得我們去細細品味。 我們首先來看一下第一篇文章的實驗設計： 這篇研究通過空間轉錄組和單細胞轉錄組測序，繪制腫瘤組織......閱讀全文
單細胞測序和轉錄組測序的區別
單細胞測序不同于傳統的高通量測序，它是對于一個細胞群中的某一個細胞進行測序分析。單細胞轉錄組測序就是對單個細胞轉錄組水平進行測序，它的優勢是準確地分析每一個細胞的基因表達，能準確區分細胞群體，并進行細胞分類間比較，以及能找到稀有的細胞的表達情況。
單細胞測序和轉錄組測序的區別
單細胞測序不同于傳統的高通量測序，它是對于一個細胞群中的某一個細胞進行測序分析。單細胞轉錄組測序就是對單個細胞轉錄組水平進行測序，它的優勢是準確地分析每一個細胞的基因表達，能準確區分細胞群體，并進行細胞分類間比較，以及能找到稀有的細胞的表達情況。
單細胞測序和轉錄組測序的區別
單細胞測序不同于傳統的高通量測序，它是對于一個細胞群中的某一個細胞進行測序分析。單細胞轉錄組測序就是對單個細胞轉錄組水平進行測序，它的優勢是準確地分析每一個細胞的基因表達，能準確區分細胞群體，并進行細胞分類間比較，以及能找到稀有的細胞的表達情況。
單細胞測序和轉錄組測序的區別
單細胞測序不同于傳統的高通量測序，它是對于一個細胞群中的某一個細胞進行測序分析。單細胞轉錄組測序就是對單個細胞轉錄組水平進行測序，它的優勢是準確地分析每一個細胞的基因表達，能準確區分細胞群體，并進行細胞分類間比較，以及能找到稀有的細胞的表達情況。
空間組學新技術破解腫瘤細胞早期空間侵襲模式
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/1/516182.shtm近日，上海交通大學醫學院分子醫學研究院楊朝勇團隊和附屬仁濟醫院泌尿科鄭軍華團隊開發了一種空間轉錄組學測序新技術Decoder-seq，并運用該技術探究了早期腎細胞癌（RCC）兩種亞型腫
全轉錄組測序文章
研究背景? ? ?? 長鏈非編碼RNA（Long noncoding RNA，lncRNA）普遍被認為是一類不能編碼蛋白的長鏈RNA。由于其序列較長，所以可以有較大的潛力形成多種復雜構象，從而通過不同生物學途徑發揮其作用。此外，由于其不具備蛋白編碼能力，因此此類RNA也主要由其堿基序列形成的高級
空間轉錄組技術用于免疫治療的研究與展望
腫瘤免疫治療現狀近年來，免疫療法，這種通過激活患者的免疫系統來殺死癌細胞的策略，已成為對抗癌癥的新希望。目前的免疫療法主要基于癌癥疫苗，細胞因子（例如白介素2），繼細胞轉移（ACT）和免疫檢查點抑制。基于他們的特點，特別針對程序性細胞死亡-1 /程序性細胞死亡配體1（PD-1 / PD-L1）途
時空分辨單細胞測序技術在腫瘤研究中的應用
時空分辨單細胞測序技術在腫瘤研究中有以下應用：腫瘤發生的早期檢測能夠追蹤腫瘤起始細胞在早期階段的變化，發現潛在的腫瘤發生標志，從而實現更早期的診斷。腫瘤異質性解析明確腫瘤內部不同細胞在空間位置上的基因表達差異，深入了解腫瘤異質性的形成機制和演化過程。腫瘤微環境研究分析腫瘤微環境中各種細胞（如免疫細胞
研究發現RNA測序新方法：檢測亞細胞水平轉錄組空間分布
斯坦福大學研究團隊在RNA測序方面取得突破性進展，發明了一種亞細胞水平轉錄組空間分布的RNA測序新方法，研究論文于近日在線發表于國際期刊Cell，論文標題為“Atlas of subcellular RNA localization revealed by APEX-Seq”。 該研究發明了一
太赫茲雷達技術空間應用與研究進展
太赫茲技術是目前信息科學技術研究的前沿與熱點領域之一，近幾年來，受到世界各國研究機構的廣泛關注，科學家們開展了許多基礎研究與應用研究方面的工作，這一新技術的科學價值預示著它具有蓬勃的生命力和美好的發展前景[1]。太赫茲雷達是太赫茲波在軍事領域應用研究中最重要的研究方向之一，目前主要開展的是主動式太赫
RNA測序技術如何繪制全基因組轉錄終止？
近日，南方科技大學生命科學學院翟繼先團隊利用納米孔單分子RNA測序技術繪制了擬南芥全基因組水平轉錄終止圖譜。該方法能同時捕獲包括已轉錄過polyA位點的 readthrough轉錄本、完成3’末端切割的5’或3’切割產物、以及已完成或正在進行多腺苷酸化（polyadenylation）的轉錄本在
全轉錄組測序技術揭示circRNA新的調控機制（二）
3. 環狀RNA的差異表達與前列腺癌的進展有關研究者對144個前列腺癌進行了聚類分析，與線性RNA相比，環狀RNA最強模式與它們在每個樣本中的總體豐度相一致。另外，極端circRNA分布的患者的預后明顯較circRNA分布穩定的患者差，同時極端circRNA index組也與更高的轉移發生率
全轉錄組測序技術揭示circRNA新的調控機制（一）
2月7日，加拿大多倫多大學的Paul C. Boutros教授和Housheng Hansen He教授團隊對144例前列腺癌樣本進行全轉錄組測序，結合后續的功能機制研究，揭示了前列腺癌circRNA新的調控機制！該研究成果以題為“Widespread and Functional RNA Circ
時空分辨單細胞測序技術在腫瘤研究中的應用案例
時空分辨單細胞測序技術在腫瘤研究中的應用案例：乳腺癌研究通過時空分辨單細胞測序，研究人員發現了腫瘤細胞在不同部位的異質性，以及與腫瘤微環境中免疫細胞和基質細胞的動態相互作用。這有助于理解腫瘤的進展和轉移機制，并為治療策略的制定提供依據。黑色素瘤研究該技術揭示了黑色素瘤細胞在原發灶和轉移灶中的基因表達
人轉錄組測序內參標準物質
通過轉錄組測序獲得人的基因表達譜數據，能進一步挖掘疾病相關的生物標志物，為臨床診斷提供依據。目前，由于轉錄組測序無法溯源，導致不同實驗室及測序平臺產出的數據可比性和測序結果的準確性面臨挑戰。 中國計量科學研究院推出的人轉錄組測序內參標準物質，包含了51個內參基因組成的兩套基于比值的RNA內參混
轉錄組測序流程步驟是哪些
轉錄組測序的研究對象為特定細胞在某一功能狀態下所能轉錄出來的所有RNA的總和，主要包括mRNA和非編碼RNA。轉錄組研究是基因功能及結構研究的基礎和出發點，通過新一代高通量測序，能夠全面快速地獲得某一物種特定組織或器官在某一狀態下的幾乎所有轉錄本序列信息，已廣泛應用于基礎研究、臨床診斷和藥物研發等領
空間轉錄組學研究案例簡析
01空間轉錄組研究解析前列腺癌異質性特征[1]影響因子：11.878發表時間：2018.06發表期刊：Nat Commun腫瘤內異質性是當今癌癥治療中最大的挑戰之一。在這里，研究人員使用空間轉錄組學（ST）技術研究整個多灶性前列腺癌的全組織基因表達異質性。利用一種新的去卷積方法，分析12個區域的近6
基因測序儀在腫瘤診斷上的應用
腫瘤的發生是遺傳基因和環境因素共同作用的結果，其中遺傳基因是內因，與人體是否具有腫瘤易感基因有關。腫瘤易感基因的檢測可以檢測出人體內是否存在腫瘤易感基因或家族聚集性的致癌因素，根據個人情況給出人性化的指導方案。
單細胞測序技術在細胞呼吸研究進展
單細胞測序技術在細胞呼吸研究中面臨以下一些挑戰：數據復雜性和分析難度：單細胞測序會產生大量復雜的數據，需要復雜的生物信息學分析方法和專業知識來解讀，從海量數據中準確識別與細胞呼吸相關的有意義信息并非易事。技術誤差和噪聲：包括樣本制備、細胞捕獲、核酸擴增等過程中可能引入技術偏差和噪聲，影響數據的準確性
全基因組及轉錄組測序案例分析
案例：應用全基因組測序和 RNA 測序來描繪常見的變異型免疫缺陷綜合癥（CVIDs）的基因圖譜 背景：常見的變異型免疫缺陷綜合癥（CVIDs）是機體免疫應答反應中不能產生抗體的最主要原因。CVIDs 變異度很高，大概 5% 的病人是由基因改變引起的。 目的：利用 Illumina HiSeq25
動物所建立高通量大視野空間轉錄組學新技術
在生物醫學研究領域，空間轉錄組學技術已成為揭示細胞組成、空間異質性以及細胞間復雜相互作用的關鍵工具，對探討胚胎發育、神經科學及疾病發生機制等至關重要。然而，該技術在實際應用中受限于成本高昂、視野范圍有限和數據處理通量不足等技術瓶頸。這些限制在構建三維及多時空全轉錄組圖譜時尤為突出。9月10日，中國科
Cell》重磅！全轉錄組測序技術揭示circRNA新的調控機制！
2月7日，加拿大多倫多大學的Paul C. Boutros教授和Housheng Hansen He教授團隊對144例前列腺癌樣本進行全轉錄組測序，結合后續的功能機制研究，揭示了前列腺癌circRNA新的調控機制！該研究成果以題為“Widespread and Functional RNA Ci
《Cell》重磅！全轉錄組測序技術揭示circRNA新的調控機制
2月7日，加拿大多倫多大學的Paul C. Boutros教授和Housheng Hansen He教授團隊對144例前列腺癌樣本進行全轉錄組測序，結合后續的功能機制研究，揭示了前列腺癌circRNA新的調控機制！該研究成果以題為“Widespread and Functional RNA Ci
比較基因組雜交技術在腫瘤研究中的應用實驗
比較基因組雜交技術在腫瘤研究中的應用 ? ? ? ? ? ? 試劑、試劑盒 Ham F10 培養基 胎牛血清
比較基因組雜交技術在腫瘤研究中的應用實驗
比較基因組雜交（CGH) 可以提供腫瘤細胞全基因組染色體拷貝數改變的信息 [1]。與常規細胞遺傳學分析不同，CGH 無需細胞培養，因此只要是可以獲得 DNA 的臨床標本，包括存檔的石蠟包埋組織，都可以進行該實驗 ra。CGH 可以在正常染色體上定位擴增或缺失的 DNA 序列，從而顯示出重要基因的位點
單細胞測序新技術：同時分析轉錄組和甲基化組
單細胞轉錄組和甲基化組分析已經成為了單細胞研究的強大工具。然而，在單細胞中揭示DNA甲基化與基因表達的直接關聯還比較困難。這是因為細胞之間存在較大的差異，又不能同時檢測一個細胞的轉錄組和甲基化組。加州大學范國平教授和同濟大學薛志剛教授領導團隊解決了這個問題。他們在Genome Biology雜志上發
大規模并行基因組測序技術（MPGS)在NIPT中的應用
據報道，全世界每年出生的各種缺陷兒約790萬，70%的出生缺陷系遺傳因素所致，而染色體異常是最常見的遺傳因素，其中21三體發病率最高，其發生機制為生殖細胞在進行減數分裂時21號染色體不分離，造成21號染色體拷貝增加。迄今為止，唐氏綜合征沒有有效的治療方法，只能通過產前篩查與早期診斷才能減少或避免患兒
大規模并行基因組測序技術（MPGS）在NIPT中的應用
據報道，全世界每年出生的各種缺陷兒約790萬，70%的出生缺陷系遺傳因素所致，而染色體異常是最常見的遺傳因素，其中21三體發病率最高，其發生機制為生殖細胞在進行減數分裂時21號染色體不分離，造成21號染色體拷貝增加。迄今為止，唐氏綜合征沒有有效的治療方法，只能通過產前篩查與早期診斷才能減少或避免
微縮化技術在宏基因組測序建庫中的應用
2020年伊始，突如其來的新冠疫情牽動著每個人的心。自武漢衛健委首發肺炎疫情情況通報后的短短一個星期，新型冠狀病毒就在實驗室中被檢出，并獲得了該病毒的全基因組序列。如此快速地確定病原體搶占研究先機，宏基因組測序技術功不可沒。?宏基因組學(Metagenomics)，以環境樣品中的微生物群體為研究對象
－大規模并行基因組測序技術（MPGS)在NIPT中的應用
據報道，全世界每年出生的各種缺陷兒約790萬，70%的出生缺陷系遺傳因素所致，而染色體異常是最常見的遺傳因素，其中21三體發病率最高，其發生機制為生殖細胞在進行減數分裂時21號染色體不分離，造成21號染色體拷貝增加。迄今為止，唐氏綜合征沒有有效的治療方法，只能通過產前篩查與早期診斷才能減少或避免