RNA干擾回復實驗，主要是為了說明Off-target效應。
Off-target效應
Off-target effects（脫靶效應）最早由Dharmacon科學家Jackson和他的同事們提出（Fedorov,Y.,et al. "Off-targeting By siRNA Can Induce Toxic Phenotype." RNA Accepted (2006).）他們給細胞轉染特定基因的單條siRNA后運用全基因組芯片檢測技術鑒定表達上調/下調1.5到3倍的靶基因數量。研究人員發現在這種情況下有大量的基因被非特異性的調控著。siRNA正義鏈和反義鏈與脫靶基因的互補水平有高有低，并且每條siRNA所引發的脫靶基因表達譜也不盡相同，反映了序列依靠性的脫靶效應。
簡單來說，Off-target效應就是指干擾shRNA序列進入了microRNA途徑，通過microRNA途徑，其可以不受完全互補的限制而調控大量靶基因的表達。原本需要19~23nt的RNA序列完全互補才能發生干擾作用，而如果進入microRNA途徑，只需要11~15nt互補就可以產生干擾效果，這使得siRNA可能與非靶基因結合而導致非靶基因沉默，造成脫靶。
原理
如果脫靶干擾的部分基因，正好與目的基因位于同一信號通路中，或者與目的基因的生物學功能相似，那么，如果因脫靶而干擾了其它基因，亦會造成和目的基因受到干擾后相同的細胞表型改變。而實際上，可能選擇的這條shRNA序列并沒有對目的基因造成有效干擾，或者雖然干擾了目的基因，但是并不會引起預期的細胞表型改變。
基于以上原因，自從Off-target效應被發現并被研究者們廣泛認同后，越來越多的雜志要求研究者們在投稿時需要有相應的對照來說明Off-target效應。即您需要有相關對照或者實驗來說明，您所獲得的實驗結果，不是由于Off-target效應而產生的。