• <table id="caaaa"><source id="caaaa"></source></table>
  • <td id="caaaa"><rt id="caaaa"></rt></td>
  • <table id="caaaa"></table><noscript id="caaaa"><kbd id="caaaa"></kbd></noscript>
    <td id="caaaa"><option id="caaaa"></option></td>
  • <noscript id="caaaa"></noscript>
  • <td id="caaaa"><option id="caaaa"></option></td>
    <td id="caaaa"></td>
  • 發布時間:2019-11-03 15:46 原文鏈接: LAMP原理及引物設計與實例

    1.LAMP引物的設計

    LAMP引物的設計主要是針對靶基因的六個不同的區域,基于靶基因3' 端的F3c、F2c和Flc區以及5' 端的Bl、B2和B3區等6個不同的位點設計4種引物。

    FIP(Forward Inner Primer):上游內部引物,由F2區和F1C區域組成,F2區與靶基因3’端的F2c區域互補,F1C區與靶基因5' 端的Flc區域序列相同。

    F3引物:上游外部引物(Forward Outer Primer),由F3區組成,并與靶基因的F3c區域互補。

    BIP引物:下游內部引物(Backward Inner Primer ),由B1C和B2區域組成,B2區與靶基因3' 端的B2c區域互補,B1C域與靶基因5' 端的Blc區域序列相同.

    B3引物:下游外部引物(Backward Outer Primer ),由B3區域組成,和靶基因的B3c區域互補。

    2.擴增原理

    60-65℃是雙鏈DNA復性及延伸的中間溫度,DNA在65℃左右處于動態平衡狀態。因此,DNA在此溫度下合成是可能的。利用4種特異引物依靠一種高活性鏈置換DNA聚合酶。使得鏈置換DNA合成在不停地自我循環。擴增分兩個階段。

    第1階段為起始階段,任何一個引物向雙鏈DNA的互補部位進行堿基配對延伸時,另一條鏈就會解離,變成單鏈。上游內部引物FIP的F2序列首先與模板F2c結合(如圖B所示),在鏈置換型DNA聚合酶的作用下向前延伸啟動鏈置換合成。外部引物F3與模板F3c結合并延伸,置換出完整的FIP連接的互補單鏈。

    FIP上的F1c與此單鏈上的Fl為互補結構。自我堿基配對形成環狀結構。以此鏈為模板。下游引物BIP與B3先后啟動類似于FIP和F3的合成,形成啞鈴狀結構的單鏈。迅速以3' 末端的Fl區段為起點。以自身為模板,進行DNA合成延伸形成莖環狀結構。該結構是LAMP基因擴增循環的起始結構。

    第2階段是擴增循環階段。以莖環狀結構為模板,FIP與莖環的F2c區結合。開始鏈置換合成,解離出的單鏈核酸上也會形成環狀結構。迅速以3’末端的B1區段為起點,以自身為模板。進行DNA合成延伸及鏈置換.形成長短不一的2條新莖環狀結構的DNA,BIP引物上的B2與其雜交。啟動新一輪擴增。且產物DNA長度增加一倍。在反應體系中添加2條環狀引物LF和LB,它們也分別與莖環狀結構結合啟動鏈置換合成,周而復始。擴增的最后產物是具有不同個數莖環結構、不同長度DNA的混合物。且產物DNA為擴增靶序列的交替反向重復序列。

    3.LAMP的特點

    LAMP與以往的核酸擴增方法相比具有如下優點:

    (1)操作簡單,LAMP核酸擴增是在等溫條件下進行,對于中小醫院只需要水浴鍋即可,產物檢測用肉眼觀察或濁度儀檢測沉淀濁度即可判斷。對于RNA的擴增只需要在反應體系中加入逆轉錄酶就可同步進行(RT.LAMP),不需要特殊的試劑及儀器。

    (2)快速高效,因為不需要預先的雙鏈DNA熱變性.避免了溫度循環而造成的時間損失.核酸擴增在l h內均可完成,添加環狀引物后時間可以節省1/2,多數情況在20。30 rain均可檢測到擴增產物。且產物可以擴增至109倍,達0.5 mg/mL.應用專門的濁度儀可以達到實時定量檢測。

    (3)高特異性,由于是針對靶序列6個區域設計的4種特異性引物。6個區域中任何區域與引物不匹配均不能進行核酸擴增。故其特異性極高。

    (4)高靈敏度,對于病毒擴增模板可達幾個拷貝,比PCR高出數量級的差異。 
    缺點:由于LAMP擴增是鏈置換合成,靶序列長度最好在300 bp以內。>500 bp則較難擴增。故不能進行長鏈DNA的擴增。由于靈敏度高。極易受到污染而產生假陽性結果。故要特別注意嚴謹操作,以及在產物的回收鑒定、克隆、單鏈分離方面均遜色于傳統的PCR方法。

    4.引物設計實例

    LAMP引物設計的在線網站只要導入靶基因就能自動生成成組引物。

    以某一微生物的鞭毛基因為例講解一下LAMP相物設計的過程:

    首先,單擊瀏覽按鈕選擇靶基因序列文件,靶序列默認的是小于22 kbp。支持三個類型的文件,普通文本格式(僅含序列)。FASTA格式和GenBank 格式文件。

    第二,從下面三個選項中選擇定參數設定(引物設計條件)條件。基于GC含量的自動判斷, 起始的參數是特定的:如果GC含量小于或等于45%,則選取AT豐度高的區,如果GC含量高于60%,則選取GC豐度高的區,其它情況是標準設定狀態。


    人体艺术视频