IgA腎病的發病機制目前尚不完全清楚。由于IgA腎病免疫熒光檢查以IgA和C3在系膜區的沉積為主,提示本病可能是由于循環中的免疫復合物在腎臟內沉積，激活補體而致腎損害。
大多數IgA腎病病人及其直系親屬循環中存在著鉸鏈區半乳糖缺陷的IgA分子，而且主要是多聚IgA。
目前研究認為，感染等二次“打擊”刺激自身抗體的產生，免疫復合物形成并沉積于腎小球產生炎癥反應，繼而刺激系膜細胞增殖和系膜外基質集聚等，最終導致腎小球硬化和間質纖維化.
