HPV很少導致臨床癥狀。 外生殖器疣因出現腫塊而最常被感覺到，但通常太小以致于難以觀察到。 有時新出現的疣及高度陰道上皮內瘤（VIN 3）會產生輕微瘙癢，但大部分的HPV病變不產生疼痛、瘙癢、燒灼感或其它臨床癥狀。當出現這類臨床癥狀時，可考慮是真菌、肥皂或殺精子劑刺激等原因引致。 以下癥狀雖然通常是其它原因引起，也可能在子宮頸癌中出現，所以也應該進行評估，包括性交時或性交后出血、周期間陰道不規律出血、不伴瘙癢或燒灼感的持續異常分泌物。
