當多克隆位點有外源DNA片段插入時，破壞此酶的N端閱讀框架，產生無α互補功能的N端片段，因此在帶有外源DNA片段的細菌在含有IPTG/X-gal的培養基上呈白色，見圖7-11 。
如果外源DNA插入片段相當短，不破壞β-半乳糖苷酶的氨基端氨基酸序列的閱讀框，有時產生的重組體菌落不呈白色而是呈淺藍色。
4.根據插入的外源性DNA片段的性狀進行篩選
如果外源性DNA片段可編碼產生蛋白質，并且該蛋白質為細菌生命活動所必需，可利用該蛋白質的性狀進行篩選。如亮氨酸是細菌生命活動所必需的，當外源性DNA片段含有合成亮氨酸的基因時，將該外源性DNA片段轉入亮氨酸缺陷的細菌中，放入僅含亮氨酸的培養基中，只有能利用亮氨酸的細菌才能生長，因此，能生長的細菌即為含有外源性DNA片段。
（二）根據重組DNA的結構特征進行篩選
1.重組DNA的快速裂解、鑒定
是重組DNA的初步篩選方法，根據重組DNA大小和載體DNA大小之間的差別來區分的。當重組DNA克隆在培養基平板上長到2mm左右時，挑取菌落，加入50μl裂解液（50mmol/LTris-HCl,pH6.8;1%SDS;
2mmol/L EDTA;400mmol/L蔗糖;0.01%溴酚藍）進行裂解，37℃下保溫15分鐘后，以12000r/min離心（4℃），吸上清，在1%瓊脂糖膠中進行電泳分離，紫外燈下觀察并比較與載體DNA片段遷移率，初步判斷是否有外源DNA插入。
2.限制性內切酶圖譜進行分析
當初步確定是帶有外源性DNA片段的重組體菌落時，則挑少量菌落進行小量培養。然后進行快速抽提得到重組DNA，用限制性內切酶進行酶切，凝膠電泳分析是否有外源DNA的插入。
3.核酸分子雜交方法進行鑒定
核酸分子雜交是核酸分析的重要方法，是鑒定重組DNA的最通用方法
常用核酸分子雜交方法及實用范圍
4、PCR擴增方法進行鑒定
根據已知插入的外源性DNA片段的序列，設計出相應的引物；也可根據一些載體克隆位點兩翼存在恒定的序列，如pGEM載體系列中雙側是SP6及T7啟動子的序列，通過與SP6、T7啟動子互補的通用引物對，直接用PCR對小量抽提得到重組DNA為模板，進行擴增，通過PCR產物的電泳分析可以確定是否有目的DNA的插入。利用PCR的方法除了迅速擴增特異的外源性DNA片段，還可以利用其產物進行DNA序列的直接測序。該方法目前已得到廣泛的應用。
5、DNA序列分析鑒定
DNA序列分析是最后確定分離的DNA是否是特異的外源性插入DNA的唯一方法，也是最確定的方法。現在DNA序列分析已實現自動化，是一個快速、簡便和實用的方法。
綜上介紹的幾種基因重組體篩選及最后如何確證所克隆基因序列正確性的方法。在應用時要根據具體情況選擇適當的方法，本著先粗后精的原則，對重組體進行逐步的分析。