實驗方法原理 在pH值為8.0~8.3時，核酸分子堿基幾乎不解離，磷酸全部解離，核酸分子帶負電，在電泳時向正極移動。采用適當濃度的凝膠介質作為電泳支持物，在分子篩的作用下，使分子大小和構象不同的核酸分子泳動率出現較大的差異，從而達到分離核酸片段檢測其大小的目的。核酸分子中嵌入熒光染料（如EB）后，在紫外燈下可觀察到核酸片段所在的位置。
實驗材料 質粒DNABAC
試劑、試劑盒 瓊脂糖溴酚藍溴化乙錠
儀器、耗材 制膠板電泳槽紫外透射儀
實驗步驟
1. 用膠帶將洗凈、干燥的制膠板的兩端封好，水平放置在工作臺上；
2. 調整好梳子的高度；
3. 稱取0.24 g瓊脂糖于30 ml 0.5×TBE中，在微波爐中使瓊脂糖顆粒完全溶解，冷卻至45-50篊時倒入制膠板中；
4. 凝膠凝固后，小心拔去梳子，撕下膠帶；
5. 將電泳樣品與溴酚藍混合后將樣品依次點入加樣孔中；
pUC185祃+ddH2O3祃+溴酚藍2祃共10祃于0.5 ml tube中混合后點樣；
6. 將制膠板放入電泳槽中，加入電泳液，打開電泳儀，使核酸樣品向正極泳動；
7. 電泳完成后切斷電源，取出凝膠，放入0.5礸/ml的溴化乙錠（EB）溶液中染色10－15min，清水漂洗后置于紫外透射儀上觀察電泳結果，并照相記錄。
注意事項
1. 影響DNA在瓊脂糖凝膠中遷移速率的因素：
（1）DNA分子大小與遷移速率U與logN成反比（N為堿基對數目）。分子大小相等，電荷基本相等（DNA結構重復性）。分子越大，遷移越慢。等量的空間結構緊密的電泳快（超螺旋>線性DNA）
（2）膠濃度，U為遷移率，U0t 瓊脂糖濃度：logU=logU0 Kr 為膠濃度，Kr為介質阻滯系數。不同的凝膠濃度，分辨不同范圍的DNAt為DNA的自由電泳遷移率，
（3）DNA構象：一般遷移速率超螺旋環狀>線狀DNA>單鏈開環。當條件變化時，情況會相反，還與瓊脂糖的濃度、電流強度、離子強度及EB含量有關。
（4）所加電壓：低電壓時，線狀DNA片段的遷移速率與所加電壓成正比。使分辨效果好，凝膠上所加電壓不應超過5 V/cm
（5）堿基組成與溫度：一般影響不大4 -30 ℃
（6）嵌入染料的存在：降低線性DNA遷移率，(不提倡加在電泳液中)
（7）電泳緩沖液 （0.5×TBE）的組成及其離子強度影響DNA的遷移率，無離子存在時，核酸基本不泳動，離子強度過大產熱厲害，熔化凝膠并導致DNA變性，一般采用1×TAE，1×TBE，1×TPE（均含EDTA pH8.0）。
2. 溴化乙錠（EB）為致癌劑，操作時應戴手套，盡量減少臺面污染。
3. 電泳指示劑：核酸電泳常用的指示劑有兩種，溴酚藍（bromophenol blue, Bb）呈藍紫色；二甲苯晴（xylene cyanol, Xc）呈藍色，它攜帶的電荷量比溴酚藍少，在凝膠中的的遷移率比溴酚藍慢。