（1）過夜培養的宿主細胞(如NM522或JM101)用3ml TYP肉汁培養基以1:100稀釋。在37℃強烈震蕩1小時之后，細胞進入對數早期。此時，將一個合適的含有重組M13的噬菌斑(連同瓊脂)用滴管轉入該細胞培養液中。
（2）37℃強烈震蕩(300rpm) 培養6小時。
（3）把細胞培養液轉入兩只1.5ml eppendorf管，12000g離心15分鐘。上清液轉移到新的eppendorf管再離心15分鐘。小心地取出1-1.2ml上清液(注意不能觸及沉淀)，再轉到新的eppendorf管。 .
（4）將0.25體積的含20%PEG(-8000)的3.75M醋酸銨(pH7.5)加入上清液以沉淀噬菌體。混勻后置冰上30分鐘，再以
12000g離心15分鐘，傾去上清液，再以同樣方法離心一次，用吸液器尖頭將殘留的PEG充分吸干凈。此時應能見管底有芝麻大小的噬菌體顆粒沉淀。
（5）將沉淀物重溶于400ml TE緩沖液中。
（6）加等體積氯仿/異戊醇(24:1)混合液，強烈震蕩1分鐘，12000g離心5分鐘。
（7）將水相轉入一新的eppendorf管，注意不能觸動原管中兩相交界面。加等體積苯酚/氯仿(1:1)混合液，強烈振蕩1分鐘，12000g 離心5分鐘。
（8）將上層水相轉入另一新的eppendorf管，重復第7步的提取，如有必要重復多次直至二相之間無可見物質存在。
（9）將上層水相轉入一新的eppendorf管，加等體積氯仿，強烈振蕩1分鐘后，12000g離心5分鐘，多次重復此步驟。
（10）將上層水相轉入新的eppendorf管，加0.5倍體積的7.5 mol/L 醋酸銨，2倍體積乙醇，混勻后-20℃放置 30分鐘。
（11）12000g離心15分鐘，去除上清液，用70%乙醇小心清洗沉淀，如果沉淀已被攪起，重新離心，傾去酒精，真空干燥沉淀物。
（12）將DNA 的沉淀物溶解于20ml去離子水中，取2ml樣品進行瓊脂糖凝膠電泳定量，如果DNA 量充足，則可進行退火測序。
2、噬粒(Phagemid)單鏈模板的制備：
噬粒是指含有絲狀單鏈DNA 噬菌體復制區的嵌合質粒。分子克隆中常用的pBluescript系列和pGEM系列的質粒均屬噬粒。含重組噬粒的細胞單菌落經液體培養并用輔助噬菌體超感染后就能產生測序反應所需的單鏈DNA 模板。
（1）從新鮮平板上挑得含pGEM質粒DNA 的抗Amp單菌落，并接種到100ml含有50mg/ml氨芐的TYP肉湯培養基中，在37℃振蕩過夜。
（2）取100ml過夜培養物接種到另一新的裝有5ml 含50mg/mlAmp的TYP肉汁培養基的試管中，在37℃強烈振蕩30分鐘。
（3）加40μl輔助噬菌體R408或M13 K07，繼續劇烈攪拌振蕩培養6-8小時，使輔助噬菌體超感染。
（4）12000g離心15分鐘后，去除沉淀，取上清，轉移到一新eppendorf管中再次離心15分鐘，小心地取1-1.2ml上清液(注意不能觸及沉淀)。
（5）將0.25體積的含20% PEG-的3.75M醋酸銨加入上清液以沉淀噬菌體顆粒。混勻后置冰上30分鐘，再以12000g離心15分鐘，傾去上清液，再以同樣方法離心一次，用移液器尖頭將殘留的PEG溶液吸凈。此時應能看到管底有芝麻大小的噬菌體顆粒沉淀。
（6）將沉淀物溶解于400ml TE緩沖液(10mmol/L Tris-HCl pH8.0，1mmol/L EDTA)。
（7）加等體積氯仿/異戊醇(24:1)混合液，強烈振蕩1分鐘，再以12000g離心5分鐘。
（8）將水相轉入一干凈eppendorf管(不要觸動原管中兩相交界面)，加等體積酚/氯仿(1:1)混合液，強烈振蕩1分鐘，12000g離心 5分鐘。
（9）上層水相轉入一干凈eppendorf管重復第8步驟提取，如有必要重復多次直至二相之間無可見物質。
（10）將上層水相轉入一干凈eppendorf管加等體積氯仿，強烈振蕩1分鐘后離心，多次重復此步驟。
（11）將上層水相轉入一干凈eppendorf管加0.5倍體積7.5mol/L pH7.5醋酸銨，再加2倍體積乙醇，混和后-20℃放置30分鐘。
（12）12000g離心15分鐘，去除上清液，用70%乙醇小心清洗沉淀，如沉淀已被攪起，重新離心，傾去乙醇，真空干燥沉淀。
（13）將沉淀物溶解于20ml去離子水中，取2ml樣品進行瓊脂糖凝膠電泳進行定量，如果DNA 量充足，則進行退火和測序。