pcr測序反應
(1) 取0.2ml的pcr管,用記號筆編號,將管插在顆粒冰中,按下表加試劑:
所加試劑 測定模板管 標準對照管
bigdye mix 1μl 1μl
待測的質粒dna 1μl -
pgem-3zf (+) 雙鏈dna - 1μl
待測dna的正向引物 1μl -
m13(-21)引物 - 1μl
滅菌去離子水2μl 2μl
總反應體積5μl,不加輕礦物油或石蠟油,蓋緊pcr管,用手指彈管混勻,稍離心。
(2) 將pcr管置于9600或2400型pcr儀上進行擴增。98℃變性2min后進行pcr循環,pcr循環參數為96℃ 10s,50℃ 5s,60℃4min,25個循環,擴增結束后設置4℃保溫。
醋酸鈉/乙醇法純化pcr產物
(1) 將混合物離心,將擴增產物轉移到1.5ml ep管中。
(2) 加入25μl醋酸鈉/乙醇混合液,充分振蕩,置冰上10min以沉淀dna。12 000r/min于4℃離心30 min,小心棄上清。
(3) 加70%(v/v)的乙醇50μl洗滌沉淀2次。12 000r/min于4℃離心5min,小心棄上清和管壁的液珠,真空干燥沉淀10~15min。
電泳前測序pcr產物的處理
(1) 加入12μl的tsr于離心管中,劇烈振蕩,讓其充分溶解dna沉淀,稍離心。
(2) 將溶液轉移至蓋體分離的0.2ml pcr管中,稍離心。
(3) 在pcr儀上進行熱變性(95℃ 2min),冰中驟冷,待上機。
分析或打印出彩色測序圖譜
上機操作按儀器操作說明書安裝毛細管,進行毛細管位置的校正,人工手動灌膠和建立運行的測序順序文件。儀器將自動灌膠至毛細管,1.2kv預電泳5min,按編程次序自動進樣,再預電泳(1.2kv,20min),在7.5kv下電泳2h。電泳結束后儀器會自動清洗,灌膠,進下一樣品,預電泳和電泳。每一個樣品電泳總時間為2.5h。電泳結束后儀器會自動分析或打印出彩色測序圖譜。
序列分析
儀器將自動進行序列分析,并可根據用戶要求進行序列比較。如測序序列已知,可通過序列比較以星號標出差異堿基處,提高工作效率。
處理儀器
測序完畢按儀器操作規程進行儀器清洗與保養。
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