DNA探針分為兩類:同位素標記的探針和非同位素標記的探針。
同位素標記的探針通常有很高的放射比活性,雜交的靈敏度高,但使用期限短,且有放射性危害,污染物處置困難,需要特殊的儀器和設備,不適用于普通實驗室。
近年來非同位素標記法得到很大發展,如酶促標記法(如生物素、地高辛標記法)和化學標記法(如熒光生物素、酶標記法)。非同位素標記的探針保存時間較長、避免了同位素的污染,但不及同位素標記探針敏感。