最可靠的方法是進行鸚鵡熱衣原體的培養，取鼻咽部或咽后壁拭子、氣管和支氣管吸出物、肺泡灌洗液等標本培養，分離物可用鸚鵡熱衣原體種特異性單克隆抗體進行鑒定。
應用PCR試驗對上述標本進行檢測對診斷有很大幫助，但需要注意質量控制，防止出現假陽性結果。
微量免疫熒光試驗(MIF)是目前國際上標準的且是最常用的衣原體血清學診斷方法，但在鸚鵡熱衣原體做診斷時應謹慎，除病人具有病鳥接觸史以外，血清標本應同時檢測沙眼衣原體、肺炎衣原體和鸚鵡熱衣原體抗體并比較抗體滴度，以滴度最高作為感染的衣原體種，從而確定是否是鸚鵡熱衣原體，因為三個衣原體種之間可能存在血清學交叉反應，鸚鵡熱衣原體肺炎的臨床癥狀類似于肺炎衣原體肺炎，但前者的發病率遠遠低于后者。血清學診斷標準為：MIF試驗IgGge；1∶512和(或)IgMge；1∶32，在排除類風濕因子(RF)所致的假陽性后可診斷為近期感染，雙份血清抗體滴度4倍或以上升高也診斷為近期感染。
鸚鵡熱累及心臟時，心電圖呈心肌炎改變。鸚鵡熱肺部X線主要表現不同程度的肺部浸潤，如彌漫性支氣管肺炎或間質性肺炎，但無特異性。肺內病變吸收緩慢。