動物
在動物中過氧化物酶體參與脂肪酸的β氧化（另一細胞器是線粒體），大鼠肝細胞過氧化物酶體在服用降脂靈后，酶濃度升高10倍。此外過氧化物酶體還具有解毒作用，因為過氧化氫酶能利用H2O2將酚、甲醛、甲酸和醇等有害物質氧化，飲入的酒精1/4是在過氧化物酶體中氧化為乙醛。
植物
在植物中過氧化物酶體主要有：
①參與光呼吸作用，將光合作用的副產物乙醇酸氧化為乙醛酸和過氧化氫。
②在萌發的種子中，進行脂肪的β-氧化，產生乙酰輔酶A，經乙醛酸循環，由異檸檬酸裂解為乙醛酸和琥珀酸，加入三羧酸循環，因涉及乙醛酸循環，又稱乙醛酸循環體（glyoxysome）。